全基因组重测序circRNA测序smallRNA测序外显子组测序ChIP测序全转录组测序mRNA测序RIP测序

全基因组重测序

全基因组重测序(Genome resequencing)是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。通过序列比对,可以分析不同个体基因组间的结构差异,如寻找单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失位点(InDel,Insertion/Deletion)、结构变异位点(SV,Structure Variation)位点等,在临床医药研究、群体遗传学研究、组间关联分析、进化分析等领域有广泛的应用。

circRNA测序

环状RNA(circular RNA,circRNA)是最近发现的一类特殊的非编码RNA,它大量存在于真核细胞胞质内,主要由pre-mRNA在可变剪接的过程中,将上游exon的5’端与下游exon的3’端剪接到一起,从而形成的首尾相接的环状RNA分子通过可变剪切加工产生。近年研究发现,circRNA具有很多重要的调控功能,例如,circRNA可以作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)结合胞内miRNA,阻断miRNA对其靶基因的抑制作用。

Small RNA测序

Small RNA是指长度在21-31nt的内源性非蛋白质编码RNA,广泛存在于高等和低等生物体内。Small RNA与细胞的发育、分化、疾病等密切相关,是重要的调控元件。近年来的研究表明,Small RNA 可用于癌症的诊断、识别、治疗、预测 治疗因子等。Small RNA包括:miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等。Small RNA通过多种多样的作用途径,包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除,来调控生物体的生长发育和疾病发生

外显子组测序

外显子(exon)是真核生物基因的一部分,它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列,又称表达序列。外显子组序列仅占人全基因组序列的1%左右,但大多数疾病相关的基因变异均发生在外显子区域。外显子组测序在疾病的检测和分析领域具有独特的优势和广泛的应用。

ChIP测序

真核生物的基因组以染色质的形式存在,染色质是由DNA和蛋白质组成的复合物,研究蛋白质与染色质形式的DNA之间的相互作用,对于阐明真核生物的基因表达调控机制具有重要意义。ChIP-seq是将染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术,通过蛋白免疫相互作用,用抗体把和染色质相互作用的蛋白(如组蛋白、转录因子等)沉淀下来,捕捉到细胞内动态的、瞬时的蛋白质与DNA之间的相互作用,从而所获取与其相结合的DNA序列,确定各种转录影响因子以及非组蛋白染色体结合蛋白在染色质上的具体位置。

全转录组测序

全转录组是指某个物种或特定的细胞在某一功能状态下转录产生的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA(non-coding RNA)。针对非编码RNA的研究主要集中在具有调控作用的长非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和环形RNA(circle RNA, circRNA)。全转录组测序研究,可同时分析同一样本中的mRNA、lncRNA、circRNA,是研究细胞表型和功能的一个重要手段,可深入挖掘生命现象背后的转录调控问题。

mRNA测序

mRNA由DNA转录而来,携带相应的遗传讯息,为下一步翻译成蛋白质提供所需的讯息。mRNA测序不仅可提供极为准确且高灵敏度的量化基因表达,还可识别已知的和新的转录异构体、基因融合和其他特征及等位基因特异性表达。(它可以提供编码转录组的完整视图,而并不受限于先验知识。)mRNA测序已迅速成为分析疾病状况、生物过程及广泛研究设计中的转录组的首选方法。

RIP测序

RIP-seq(RNA-immunoprecipitation and high-throughput sequencing)是RNA免疫共沉淀与高通量测序结合的技术,它通过免疫沉淀目标蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA。将捕获的RNA进行高通量测序,可获得RNA结合蛋白(RBP)在体内与众多RNA靶标的结合模式,并对齐结合强度进行精确定量,最终通过分析目的蛋白在体内结合RNA的动态变化,阐述出目的蛋白对基因表达调控的分子机制。这是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RBP相互作用的革命性技术。

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