KC-SMP建库技术

背景介绍

液体活检是对肿瘤患者外周血中的cfDNA进行检测,从而判断患者体内是否有肿瘤基因突变的一种新型检测技术。肿瘤患者外周血中的cfDNA含有多种与肿瘤相关的突变基因,称之为ctDNA。ctDNA作为一种新的肿瘤标志物,在用药指导、疗效监测和复发监控等癌症诊疗过程中表现出很大的潜力。

目前,ctDNA检测的常规方法主要基于多重PCR技术(如Anhored Multiplex PCR、safe-seqS)或基于靶向捕获技术(如CAPP-seq、duplex-sequencing)。基于捕获的技术灵敏度高,但操作流程复杂、成本也高;基于多重PCR的方法简便快捷、特异性好,但灵敏度受限。


KC-SMP技术

KC-SMP技术主要是利用NGS对ctDNA进行检测的高精准度检测分析技术,通过高精准度靶向富集方案及UID分子标签、duplex barcoding双重纠错方法,有效实现超高测序深度(>10000X)下低频变检的精准检出(灵敏度0.05%)。

KC-SMP建库技术结合了多重PCR和靶向捕获技术的优势,同时避免这两种技术的缺陷,具有超高灵敏度、建库时间短、操作步骤简单、所需样本量少等优势。


KC-SMP技术原理图


技术优势

  • 超高灵敏度。KC-SMP的检测灵敏度下限为0.01%,达到与基于捕获的技术相同水平,这是第一项利用多重PCR原理达到该检测灵敏度的技术。
  • 建库时间短。KC-SMP基于多重PCR原理,避开了耗时的捕获步骤,整个文库构建可以在6h内完成,较CAPP-seq 2-3天的建库时间有了大幅度缩短。
  • 流程简单。KC-SMP的流程只有1步连接反应和2步PCR扩增反应,真正hands on的时间不超过2h,流程非常简单。
  • 节约样本。由于是基于PCR的扩增技术,避开了损失很大的捕获步骤,因此KC-SMP对模板起始量的要求很低,更利于检测珍贵的临床样本。

KC-SMP与CAPP-seq和多重PCR的技术对比如下:


建库质量

1.测序数据统计

Horizon HD780 cfDNA标准品(0.1%、1%、5%、100%)建库测序,靶向检测207个位点,上靶率80%以上,双链比例接近30%,均一性好。

2.靶点测序深度分布

靶点覆盖稳定,可以进行CNV检测。

3.靶点测序深度分布

4.突变检测结果

A:Horizon HD780标准品包含6个SNV和2个InDel(含量分别为0.1%、1%、5%),所有变异在3次重复实验中全部被检测到,且AF和标称值差异很小。B:样本包含大量突变(含量从 0.01%至75%),这些突变都被稳定检测到。