科技服务
scientific research
CUT&Tag技术服务
产品简介

CUT&Tag是蛋白质-DNA互作关系研究的新方法,与传统的ChIP-Seq研究方法相比,该技术无需交联、超声打断、末端修复和接头连接等操作,因此具有省时高效、所需的样品量少(低于10万个细胞即可),背景信号低、可重复性好和测序数据量少等优点,甚至可用于单细胞水平研究。CUT&Tag对基因调控、表观遗传等领域的研究具有革命性的意义。

项目流程

技术应用

1.挖掘蛋白质一DNA相互作用

2.检测基因组上的组蛋白修饰,鉴定超级增强子

3.检测转录因子的结合位点

CUT&Tag 与ChIP-seq 性能比较

部分结果展示

案例分析

 Nature Communication : CUT&Tag高效分析小样本和单细胞的表观基因组学[1]

本研究对比了ChIP-seqCUT&RUNCUT&Tag三种方法检测多种组蛋白修饰、RNAPII、 转录因子、染色质开放性的效果。

1.更高的信噪比

上图:三种方法检测H3K27me3修饰, CUT&Tag检测灵敏且信噪比高

Henikoff等人在对组蛋白H3K27me3进行研究时对比使用了ChIP-seqCUT&RUNCUT&Tag三种方法。通过相同的数据量(8M Reads)进行比较分析发现,三种方法对应的染色体景观相似,但是ChIP-seq需要更高的测序深度才能达到去背景噪音的效果,而CUT&Tag有最低的背景噪声和最强的信号。

 

2.更高的重复性

 

图:CUT&Tag的重现性和效率

使用CUT &TagCUT & RUNChIP- seq三种实验方法(各两种生物学重复)鉴定染色体H3K4me1组蛋白修饰。实验数据证实CUT&Tag的灵敏度最高,实验可重复性最好。

参考文献:

[1] Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, et al. CUT&Tag for eficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nature Communication2019 10(1):1930.