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scientific research
ac4C-seq (ac4C acRIP)
~ac4C修饰~

RNA上目前发现存在着170多种不同类型的转录后修饰,并且所有已知的RNA种类都可以被修饰,其中rRNA和tRNA的修饰最多。mRNA上的主要修饰类型包括m6A、m1A和m5C,除这些主流修饰以外,mRNA上也存在ac4C修饰。ac4C修饰虽然很早在酵母中发现(如下图),但是关于它的研究相对于m6A等修饰来说总体偏少。近期有不少研究发现人细胞的mRNA上存在ac4C修饰,由Writer NAT10/THUMPD1负责催化形成,可以促进mRNA翻译效率和维持稳定性

目前ac4C在人和酵母物种中的Writers已经鉴定出来,但是和m6A类似的Reader或Erasers蛋白还没有相关报道。随着研究的开展,这些蛋白会逐一鉴定出来,并形成完整的修饰调控机制。

~ac4C acRIP-seq~

与meRIP-seq类似,acRIP-seq只要换成识别ac4C的商业化抗体,就可以针对ac4C饰进行研究

acRIP-seq的实验原理如下图所示:首先通过polyA捕获mRNA,或者通过rRNA剔除去掉rRNA,然后将获得的RNA打成100nt左右的小片段;之后使用ac4C特异性抗体进行免疫共沉淀,含有ac4C修饰的RNA片段被富集并回收;进而对回收的RNA进行文库构建、高通量测序和生物信息学分析,通过peak分析鉴定出ac4C修饰的位点

~服务流程~

您只需要提供足量的组织/细胞或RNA,我们将根据物种、RNA起始量为您推荐合适的acRIP实验方案~

~产品对比~

~实测数据~

Peak在mRNA上的分布

目前ac4C修饰模式报道相对较少,现有研究显示人mRNA的ac4C主要在CDS区5’端和5’UTR分布

 

Motif分析

上:实测结果   下:Cell文献结果