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互作转录组测序
产品简介

物种间存在广泛的相互作用,包括寄生、共生、竞争等,而普通的转录组只能研究单一物种的信息,不仅浪费一部分数据,而且在分离中也会对样本本身造成一定的影响。

互作转录组(Dual RNA-seq),无需分离两物种,避免分离造成的干扰,只构建一个转录组文库,便能同时对2个(或多个)物种进行测序和分析,从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。同时,还可以通过互作模型图获得物种间基因的调控关系,得到两物种间的相互作用机制。研究互作过程中的调控网络、病原菌感染宿主致病机理和宿主抗病的机制;研究致病性菌在不同物种之间的进化关系、基于同源基因进一步发掘正选择相关基因等。

 

技术流程

建库方法                                                                                   项目流程            

      

技术优势
  1. 国内首家DigitalUMI)高通量测序服务平台,自主研发建库技术,有效降建库低起始量;
  2. 结合数字标签(UMI)技术,提高比对率、解决PCR偏好性对中低表达量基因的影响,让表达量分析精确度更上一个台阶;
  3. UMI技术帮助研究超低表达量基因:避免寄生物种信息被宿主掩盖、有利于病原体感染初期检测;
  4. 强大的生信分析团队,提供多种个性化分析;
  5. 从方案设计、建库测序到数据挖掘,贴心全程陪伴,全力帮助您的研究。

 

结果展示

差异可变剪接事件火山图                                     加权基因共表达网络分析 

 

时间序列样本分析                                          蛋白互作网络分析   

 

案例解析

沙门氏菌感染HeLa细胞过程中非编码RNA的调控作用

为了研究细菌感染细胞后两者的相互作用,作者使用带绿色荧光标记的沙门氏菌感染HeLa细胞,利用绿色荧光分离感染的细胞。然后分别对未感染细胞和感染后2~24小时的细胞进行Dual RNA-seq,同时研究感染过程中两个物种的mRNA和非编码RNA变化。

他们锁定了small RNA——PinT,在细菌感染宿主细胞的最初4个小时,PinT的表达量上调最为显著(图ab),在感染过程中增加了近100倍。PinTPhoP的调控(图d)。此外,PinT可影响宿主的转录模式,调控自身毒力相关基因SPI-1下调、存活相关基因SPI-2上调,而SPI-2可以调控宿主JAKSTAT信号通路上调。

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参考文献

Westermann A J, Förstner K U, Amman F, et al. Dual RNA-seq unveils noncoding RNA functions in host-pathogen interactions.[J]. Nature, 2016, 529(7587):496-501.

 

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