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scientific research
m7G meRIP-seq(m7G RNA甲基化测序)
m7G修饰

m7G修饰最为熟知的形式是存在于真核生物mRNA的5’帽子结构中,后续研究表明tRNA和rRNA上也存在丰度较高的m7G修饰,此外miRNA也存在m7G修饰。真核生物mRNA帽子结构m7G修饰已经研究众多,而对于mRNA内部修饰(5’UTR/CDS/3’UTR区域)研究相对较少,存在巨大研究价值。与m6A修饰类似,对m7G进行研究同样绕不开催化/擦除m7G修饰的甲基化酶(Writers)/去甲基化酶(Erasers),以及各种阅读器蛋白(Readers),目前鉴定到的Writers为METTL1;Eraser还未知;Readers为最新鉴定到的QKI7。

 

m7G meRIP-seq送样要求

 

样品量

RNA起始量

数据量

周期

4x107细胞

组织1 g

200 ug

6G

25个工作日

 

m7G meRIP-seq原理

结果展示

                                             

                                                      

  1. Peak在RNA功能元件分布
  2. Gene track
  3. 实测motif
  4. 文献报道motif
文章案例

                                      

                                                    

                                                   

      QKI将具有内部m7G修饰的转录本穿梭成应激颗粒并调节mRNA的代谢

  1. m7G meRIP-seq联合QKI7 RIP-seq证明QIK7结合mRNA内部m7G修饰。说明其潜在reader特性;
  2. Co-IP证明QKI7可以在应激状态与应激颗粒蛋白G3BP1互作,通过荧光成像证明QKI7在应激条件下可以将具有内部m7G修饰的mRNA穿梭成应力颗粒;
  3. 敲低QIK7可以显著降低全局mRNA的半衰期,而过表达WT型QKI7可以挽救该表型;这些半衰期降低的mRNA与QKI7结合的mRNA重叠较好,说明QKI7可以在应激条件下增强这些mRNA的稳定性;
  4. RNA-seq联合Ribo-seq确定QKI7可以使其结合靶标翻译效率降低。