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目标区域甲基化测序
产品简介

Bisulfite(亚硫酸氢盐)处理是表观遗传学研究的经典实验方法,能够将基因组中未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶,通过PCR进一步转化成胸腺嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变。目标区域甲基化测序(Targeted Region Bisulfite Sequencing首先将Bisulfite处理基因组DNA,然后在目标区域两侧设计PCR引物并对目标区域进行扩增,对PCR扩增产物进行测序就可以判断目标区域CpG位点是否发生甲基化修饰。

全基因组甲基化测序成本相对昂贵,目标区域甲基化测序只需针对感兴趣的区域进行研究,设计一对引物就可同时检测该区域内多个CpG位点,不仅大大降低了甲基化研究的成本,还能提高目标区域的测序深度,从而增加检测准确性,获得检测区域的单碱基分辨率的甲基化信息。可用于研究特定DNA区域甲基化与特定表型之间的关联,与转录组测序结合还有助于甲基化修饰对基因表达调控机制的研究。

 

技术流程

建库方法                                                                              项目流程                 

 

技术优势
  1. 500~1000X高测序深度,精确计算每个位点C的甲基化程度
  2. 一次检测大量样本
  3. 高通量,同时检测多个区域多个位点

 

结果展示

DMR分析

 

甲基化位点                                                                                             motif分析 

 

案例解析

子宫内膜癌中lncRNA HAND2-AS1启动子区高甲基化抑制表达

子宫内膜癌(EEC)是死亡率非常高的常见妇科恶性肿瘤,其死亡率仅次于卵巢癌和宫颈癌。作者发现lncRNA HAND2-AS1EEC中表达量显著下调,尤其是在严重病变的肿瘤组织中下调更为显著,且HAND2-AS1的表达量与肿瘤的分级、转移、复发相关。

DNA甲基化分布于编码区和非编码区,对编码和非编码基因均有调控作用,作者分析了301EEC患者和46例健康人的全基因组甲基化数据,发现EEC患者HAND2-AS1启动子区CpG122CpG74这两个位点为高甲基化。

作者使用5EEC细胞系进行验证,RT-PCR结果显示HAND2-AS1为低表达,针对CpG122CpG74的甲基化测序结果显示为高甲基化。用脱甲基试剂Aza处理EEC细胞系后,HAND2-AS1启动子区甲基化水平下调同时表达水平上调。这证明子宫内膜癌中HAND2-AS1的低表达与其启动子区高甲基化有关。

参考文献

Yang X, Wang C C, Wyw L, et al. Long non-coding RNA HAND2-AS1 inhibits invasion and metastasis in endometrioid endometrial carcinoma through inactivating neuromedin U[J]. Cancer Letters, 2017, 413:23.