Chip-seq---组蛋白修饰

表观遗传学研究

ChIP-seq (染色质免疫共沉淀测序） CUT&Tag ATAC-seq (染色质可及性测序） BS-seq (DNA甲基化测序） m6A-seq (m6A meRIP） m5C-seq (m5C meRIP) bsRNA-seq (m5C RNA甲基化测序） ac4C-seq (ac4C acRIP) G4-ChIP-seq·G-四链体染色质免疫共沉淀测序 m7G meRIP-seq（m7G RNA甲基化测序）
转录组学研究

绝对定量转录组测序（UMI RNA-seq） mRNA测序 miRNA测序 lncRNA测序 circRNA测序互作转录组测序 CAGE-seq
互作&免疫

转录因子ChIP测序 DAP-seq（DNA亲和纯化测序） B细胞受体（BCR）测序 T细胞受体（TCR）测序 RIP测序 CLIP测序 eCLIP-seq
基因组学研究

全基因组重测序宏基因组测序外显子组测序

ChIP-seq (染色质免疫共沉淀测序）

研究对象

组蛋白修饰

表观遗传学调控主要由3大类调控模式组成：组蛋白修饰、DNA修饰和染色质构象。染色质是由组蛋白八聚体和缠绕在上面的DNA组成的。组蛋白N端都有一段富含赖氨酸和精氨酸的“尾巴”，尾巴上的氨基酸可以被修饰酶催化添加各种修饰基团，如甲基、磷酸基、乙酰基和泛素等，这个过程称为“组蛋白修饰”。组蛋白修饰对基因表达的调控是表观遗传学最为重要和多样的调控方式，它作用于几乎所有的生物过程，如转录激活/失活、染色体包装和 DNA 损伤/修复等。

最常见的组蛋白修饰为甲基化修饰和乙酰化修饰:

乙酰化修饰与染色质的开放和转录激活相关；
甲基化修饰根据其修饰类型以及发生的氨基酸不同，既可以导致转录激活（如H3K4me3、H3K36me3、H3K79me3等），也可以导致转录抑制（如H3K9me3、H3K27me3等）

组蛋白修饰介导的基因表达调控

组蛋白修饰可以通过改变染色质构象或招募转录调控因子来影响基因表达。
lncRNA在调控染色质组蛋白修饰水平或介导组蛋白修饰对基因表达调控的过程中起着关键的作用。

常见研究思路

组蛋白修饰介导的基因表达调控在几乎所有的生物学过程中都发挥着重要作用，因此其应用场景极其广泛。

常见的应用如下：

发育过程中组蛋白修饰变化及其介导的基因表达变化；
特定生物学变化（如癌变）前后组蛋白修饰变化及其介导的基因表达变化；
特定对照-处理前后组蛋白修饰变化及其介导的基因表达变化；
研究组蛋白修饰酶在特定生物学过程中的作用；
研究非编码RNA在表观调控中的功能；

组蛋白Chip-seq作为研究三大表观调控因素之一的手段，通常与ATAC-seq、DNA修饰以及基因表达一起联合使用。

Chip-seq

组蛋白修饰研究金标准--Chip-seq

Chip-seq测序（CHromatin ImmunoPrecipitation and high-throughput SEQuencing）是将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合的技术。通过组蛋白特异性抗体，将带有特定修饰的组蛋白-DNA复合物沉淀下来，从而获取该组蛋白结合的DNA。通过对DNA进行高通量测序，即可获得该组蛋白在染色体上的分布情况。

Chip-seq的流程包括细胞/组织交联、细胞核提取、染色质片段化、免疫共沉淀、DNA回收、文库构建、高通量测序和生信分析等一系列步骤，如下图所示：

服务流程

您只需要提供样品，剩下的工作我们来做！

产品优势

为什么选择我们？

严格的质控体系：我们的服务提供三重质检，保证结果的可靠性

领先的技术：我们有近千次IP锤炼出来的IP体系

全物种覆盖：我们有最先进的细胞核分离纯化技术，再罕见的物种、再复杂的组织类型，都不是问题

自动化IP工作站：我们建设了国内唯一的自动化IP工作站，可以在1天时间内完成32个样品的平行IP实验，缩短项目周期、提高结果稳定性

项目经验丰富：我们累计提供了10余种组蛋白修饰、50多个物种的上千次Chip-seq服务

技术痛点

一个好的Chip-seq实验，需要具备什么素质？

良好的免疫共沉淀效果：足够的特异性和足够的IP效率

分析结果应该符合目的蛋白已知的结合模式

实测数据

植物H3K9ac Chip-seq结果

动物H4K5ac Chip-seq结果

植物H3K4me3 Chip-seq结果

动物H3K27ac Chip-seq结果

客户文章

Juan Dong et. al, UHRF1 suppresses retrotransposons and cooperates with PRMT5 and PIWI proteins in male germ cells. Nat Commun (2019) （IF：12.121）
Ge Sun et. al, An H3K4me3 reader, BAP18 as an adaptor of COMPASS-like core subunits co-activates ERα action and associates with the sensitivity of antiestrogen in breast cancer, Nucleic Acids Research, Volume 48, Issue 19, 4 November 2020（IF：11.561）
Tian X, et. al, The miR-5694/AF9/Snail axis provides metastatic advantages and a therapeutic target in basal-like breast cancer - ScienceDirect[J]. 2020. （IF：8.986）
Wang, S et. al, ZNF703 prmotes tumor progression in ovarian cancer by interacting with HE4 and epigenetically regulating PEA15. J Exp Clin Cancer Res 39, 264 (2020). （IF：7.9）
Guo Z et. al, UTX/KDM6A deletion promotes the recovery of spinal cord injury by epigenetically triggering intrinsic neural regeneration[J]. Molecular Therapy — Methods & Clinical Development, 2020. （IF：4.533）
Wenjing Liang et. al, HMGB1 upregulates NF-kB by inhibiting IKB-α and associates with diabetic retinopathy. Life sciences (2019) （IF：3.4）
Xinyang Zhang et. al, A Novel Regulator of Preadipocyte Differentiation,Transcription Factor TCF21, Functions Partially Through Promoting LPL Expression. Front Physiol (2019) （IF：3.367）