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转录因子ChIP测序
产品简介

!!组蛋白修饰Chip-seq,请移步这里!!


Chip-seq:DNA结合蛋白功能的研究工具

        人类基因组的20000个蛋白编码基因中,约有2000个具备DNA结合的能力。这些DNA结合蛋白包括染色体组装的组蛋白、DNA复制相关结构蛋白、核酸酶和DNA聚合酶,转录相关转录因子和RNA聚合酶等。其中 转录因子的数量最多,约有1500个。

 

        转录因子蛋白通常具有DNA结合结构域和功能结构域。根据DNA结合结构域的特征,转录因子可以被划分成数十个家族。通过识别增强子或启动子的相应序列结合到DNA上之后,转录因子可以通过多种方式行使对转录的调控功能:

 

  • 部分转录因子结合到转录起始位点附近的DNA启动子序列,并帮助形成转录起始复合物;
  • 部分转录因子结合调节序列,例如增强子序列,刺激或抑制相关基因的转录;
  • 部分转录因子(先驱转录因子),则可以招募修饰酶,调控基因的组蛋白修饰DNA甲基化状态,改变染色质构象从而调控基因的转录;

 

 

        Chip-seq就是研究这些DNA结合蛋白功能的重要工具。Chip-seq测序(CHromatin ImmunoPrecipitation and high-throughput SEQuencing)是将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合的技术。通过特异性抗体,将待研究的目标DNA结合蛋白-DNA形成的复合物沉淀下来,从而获取该蛋白结合的DNA。通过对DNA进行高通量测序,即可获得该蛋白在染色体上结合的情况。

 

        Chip-seq的流程包括细胞/组织交联、细胞核提取、染色质片段化、免疫共沉淀、DNA回收、文库构建、高通量测序和生信分析等一系列步骤,如下图所示:

 

服务流程

 

您只需要:

1、提供目标蛋白和样品信息,评估可行性;

2、提供样品和抗体,剩下的我们来做;

3、收到实验和分析报告,使用数据;

 

 

产品优势

我们是专业的Chip-seq技术服务供应商:

 

  • 严格的质控体系我们的服务提供三重质检,保证结果的可靠性;
  • 领先的技术我们有近千次IP锤炼出来的IP体系;
  • 全物种覆盖我们有最先进的细胞核分离纯化技术,再罕见的物种、再复杂的组织类型,都不是问题;
  • 自动化IP工作站我们建设了国内唯一的自动化IP工作站,可以在1天时间内完成32个样品的平行IP实验,缩短项目周期、提高结果稳定性;

 

 

  •  项目经验丰富我们累计提供了几十种组蛋白、转录因子,50多个物种的上千次Chip-seq服务;

 

 

 

技术痛点

一个好的Chip-seq实验,需要具备以下素质:

1)良好的免疫共沉淀效果:足够的特异性和足够的IP效率;

 

2)分析结果应该符合目的蛋白已知的结合模式。

 

 

实测数据

转录因子

Chromatin Remodelling Protein

Chromatin Remodelling Protein

 

客户文章
  • Juan Dong et. al,  UHRF1 suppresses retrotransposons and cooperates with PRMT5 and PIWI proteins in male germ cells. Nat Commun (2019) (IF:12.121)
  • Ge Sun et. al, An H3K4me3 reader, BAP18 as an adaptor of COMPASS-like core subunits co-activates ERα action and associates with the sensitivity of antiestrogen in breast cancer, Nucleic Acids Research, Volume 48, Issue 19, 4 November 2020(IF:11.561)
  • Tian X, et. al, The miR-5694/AF9/Snail axis provides metastatic advantages and a therapeutic target in basal-like breast cancer - ScienceDirect[J]. 2020. (IF:8.986)
  • Wang, S et. al, ZNF703 prmotes tumor progression in ovarian cancer by interacting with HE4 and epigenetically regulating PEA15. J Exp Clin Cancer Res 39, 264 (2020). (IF:7.9)
  • Guo Z et. al, UTX/KDM6A deletion promotes the recovery of spinal cord injury by epigenetically triggering intrinsic neural regeneration[J]. Molecular Therapy — Methods & Clinical Development, 2020. (IF:4.533)
  • Wenjing Liang et. al, HMGB1 upregulates NF-kB by inhibiting IKB-α and associates with diabetic retinopathy. Life sciences (2019) (IF:3.4)
  • Xinyang Zhang et. al, A Novel Regulator of Preadipocyte Differentiation,Transcription Factor TCF21, Functions Partially Through Promoting LPL Expression. Front Physiol (2019) (IF:3.367)