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转录因子ChIP测序
产品简介

ChIP测序(Chromatin immunoprecipitation and high-throughput sequencingChIP-seq)是将染色质免疫沉淀与高通量测序相结合的技术,通过蛋白免疫相互作用,用抗体把和染色质相互作用的蛋白(如转录因子等)沉淀下来,捕捉到细胞内动态的、瞬时的蛋白质与DNA之间的相互作用,从而所获取与其相结合的DNA序列,确定各种转录因子以及染色体结合蛋白在染色质上的具体位置。可以一次性得到目的蛋白在整个基因组上的结合分布,得到目的蛋白精确的结合位点以及结合基序等信息。

若同时辅以转录组测序,则可以帮助得到目的蛋白对全细胞基因表达的调控模式,大幅提高对目的蛋白的功能认识。这种在 DNA-蛋白质相互作用研究方法上的重大突破,极大的推进了基因表达调控的发展。

 

更多产品:组蛋白ChIP测序

 

技术流程

建库方法                                                                                        项目流程           

技术优势
  1. 团队实力:核心团队由来自加州大学圣地亚哥分校(UCSD)、武汉大学、华中农业大学的博士后组建,成员已在NatureCellMolecular CellNat. Struct. Mol. Biol.Proc Natl Acad Sci USA等国际顶级期刊发表文章十余篇。
  2. 项目经验:公司已完成1000多项ChIP-seqRIP-seqCLIP-seq实验及测序分析服务,包括动物(人、小鼠、大鼠、人、羊、牛、鸡、猪、鱼等)、植物(拟南芥、水稻、棉花、小麦、土豆、番茄、苹果、葡萄、白菜、苜蓿二穗短柄草等)、微生物(大肠杆菌、禾谷镰刀菌、弧菌等)50余物种的IP项目。
  3. 高成功率:组蛋白ChIP-seq成功率接近100%,转录因子ChIP-seq成功率超过95%RIP-seqCLIP-seq成功率接近95%
  4. 严格质检:IP抗体进行严格的质检和效价评估,对实验体系耐心优化,并提供详细的质检报告,可供文章发表使用。
  5. 数据分析:自主开发的分析流程,特有的Peak calling技术,可提供个性化、多组学关联分析,帮助解析目的蛋白调控机制。

 

结果展示

A:IP质检结果(input:样品裂解液中目的蛋白检测结果,IP:抗体富集目的蛋白检测结果,IgG:IgG富集目的蛋白结检测果);

B:Reads在基因上下游的分布,结合峰主要位于转录起始位点(TSS)上游区域(ChIP_1/2/3为3个生物学重复);

C:Peak在基因组各功能区的分布;

D:Peak的Motif分析。

 

更多结果展示:ChIP项目质检结果

 

案例解析

转录因子Zeb1识别HMG-box促进胶质母细胞瘤转移

Zeb1ChIP-seq研究转录因子Zeb1在全基因组范围的结合情况,发现它在4430个基因上有多达6879个结合峰。虽然有众多的结合,但并非都产生调控作用。使用shRNA敲低Zeb172h后观察基因表达变化,发现200个基因下调,98个基因上调。ChIP-seq和表达谱联合分析,确认这些基因的变化是否受到Zeb1的直接调控,结果发现Zeb1的结合与多个基因的上下调均显著相关。

Zeb1直接抑制的基因(如Myo6, Shroom3, Pard6b,Nrxn3GO富集到上皮细胞分化等,Zeb1直接激活的基因(如Itgb1, Nrp2, Prex1 ,S100BGO富集到糖蛋白代谢过程等。motif分析,发现Zeb1大量结合E-box序列(CAGGTG)和HMG-boxhigh mobility group box)序列(ACAAAG)。

Prex1是受Zeb1正向调控的基因,Lef1Tcf3Tcf4等因子,被招募到基因Nrp2Prex1的调控区域的HMG-box,与Zeb1发挥协同调控作用。Zeb1Lef/Tcf因子一起被招募到该调控区域,并促进Prex1等基因表达,Prex1表达上调促进胶质母细胞瘤转移、侵袭,影响患者生存期缩短。

 

参考文献

Pedro Rosmaninho et al, Zeb1 potentiates genomewide gene transcription with Lef1 to promote glioblastoma cell invasion, The EMBO Journal (2018).

 

更多案例解读:ChIP-seq发现转录因子Zeb1转录调控新机制