科技服务
scientific research
RIP测序
研究对象

RNA结合蛋白:RNA Bindig Proteins

        RNA结合蛋白(通常缩写为RBP)是具有结合双链或单链RNA能力的蛋白,真核生物约有500个RNA结合蛋白编码基因。RBP包含各种结构基序,例如RNA识别基序(RRM),dsRNA结合结构域(dsRBD),锌指(Zinc Finger)等。RNA结合蛋白在RNA的转录后调控中起着核心作用,广泛参与RNA剪接,聚腺苷酸化,出核、定位以及翻译的过程,并且是mRNA稳定性的主要调控因素。尽管RBP在转录后调控中起着至关重要的作用,但大多数RBP的调控功能以及调控机制尚未得到系统的研究。

 

 

RIP-seq

        RIP-seq(RNA immunoprecipitation and deep sequencing)是RNA免疫沉淀与高通量测序结合的技术,它通过免疫沉淀目标蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA。将捕获的RNA进行高通量测序,可获得RNA结合蛋白(RBP)在体内与众多RNA靶标的结合模式,并对其结合强度进行精确定量,最终通过分析目的蛋白在体内结合RNA的动态变化,阐述出目的蛋白对基因表达调控的分子机制。

 

        根据目的RNA结合蛋白的定位、RNA结合强度的不同,以及由此决定的实验难度和实验目的的不同,武汉康测提供以下三种不同的RIP-seq技术路线,如下图所示:

 

  • Native RIP-seq:常规RIP-seq,在温和的条件下裂解细胞,使用目标RBP特异性抗体富集目标RBP,进而对其结合RNA进行回收,建库、测序并进行生物信息分析,即可以得到该RBP结合的RNA;该技术适合对RNA结合能力较强的RBP进行研究;

 

  • Crosslinking RIP-seq:交联RIP-seq,实验前首先使用甲醛将RBP-RNA、RBP-蛋白的结合固定,然后对细胞进行裂解,使用目标RBP特异性抗体富集目标RBP,最终对其结合RNA进行回收,建库、测序并进行生物信息分析,即可以得到该RBP结合的RNA;由于RBP-RNA的结合被固定,因此实验过程中可以使用强力的裂解、IP条件,因此该技术适合对1)难以裂解的组织中RBP的功能进行研究;2)对抗体特异性不佳的RBP的功能进行研究;3)对目的RBP的蛋白复合物的功能进行研究

 

  • Nuclear RIP-seq:核RIP-seq,首先对组织、细胞进行裂解,分离细胞核,然后裂解细胞核,使用目标RBP特异性抗体富集目标RBP,进而对其结合RNA进行回收,建库、测序并进行生物信息分析,即可以得到该RBP结合的RNA;该技术由于对细胞核进行了纯化,因此适合对1)目标RBP在细胞核内的功能进行研究;2)复杂组织如脏器,其代谢物干扰IP,无法通过常规RIP-seq进行研究的RBP的功能进行研究

 

 

服务流程

您只需要:

  1. 提供目标蛋白和样品信息,我们确定技术路线;
  2. 提供样品和抗体,剩下的我们来做;
  3. 收到实验和分析报告,使用数据;

 

 

产品优势

我们是专业的Rip-seq技术服务供应商:

  • 严格的质控体系:我们的服务提供三重质检,保证结果的可靠性;
  • 领先的技术:我们有近千次IP锤炼出来的IP体系;
  • 全面的解决方案:Native RIP、Crosslinking RIP、Nuclear RIP,复杂组织也有解决方案;
  • 自动化IP工作站:我们建设了国内唯一的自动化IP工作站,可以在1天时间内完成32个样品的平行IP实验,缩短项目周期、提高结果稳定性;

 

 

实测数据

A)IP质检结果(IP-上清:抗体免疫沉淀上清中目的蛋白检测,Input:样品裂解液中目的蛋白检测,IP:抗体富集目的蛋白检测,IgG:IgG富集目的蛋白检测);            

B)reads在所有基因功能区域的累积分布(上)和每个基因上reads的分布情况(下),红色代表覆盖度深;

 

 

C)Peak在基因各功能区的分布统计;

D)reads在基因上的覆盖情况:在peak区域,IP的reads覆盖度高于input,  (横轴为基因位置,左边纵轴为覆盖度)。

 

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电话:027-65527552

邮箱:seqhealth@seqhealth.cn

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