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scientific research
CLIP测序
产品简介

CLIP-Seqcrosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing即紫外交联免疫沉淀结合高 通量序, RNARNA Binding proteinRBP在体RNA 靶标的结,并其在些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示 RNA分子与RBP相互作用的革命性技术。被应用到 miRNA 靶标鉴定、lncRNA生物学功能研究等工作中。

CLIP-seq 的应用范围

1)绘制全基因组范围的RNARBP相互作用图谱,解析“ArgonauteAgo—miRNA—mRNA”三者的相互作用;

2RBPmiRNAlncRNA等非编码RNA的作用网络与功能的发现;

3)与 RIP-seq 相比,CLIP-seq可以鉴定RBPRNA之间的直接相互作用,确定 RBP miRNAlncRNA 等非编码 RNA 的精确结合位点。

 

技术流程

建库方法                                                                                    项目流程              

 

技术优势
  1. 团队实力:核心团队由来自加州大学圣地亚哥分校(UCSD)、武汉大学、华中农业大学的博士后组建,成员已在NatureCellMolecular CellNat. Struct. Mol. Biol.Proc Natl Acad Sci USA等国际顶级期刊发表文章十余篇,包括运用CLIP-seq发表的文章:Jiang L, Shao C, Wu Q J, et al. NEAT1 scaffolds RNA-binding proteins and the Microprocessor to globally enhance pri-miRNA processing.[J]. Nature Structural & Molecular Biology, 2017, 24(10):816. IF12.595)康测科技团队成员吴启家是文章的共同第一作者,参与了实验方案的设计和实施操作。
  2. 项目经验:公司已完成50余物种、1000多项ChIP-seqRIP-seqCLIP-seq实验及测序分析服务,包括动物(人、小鼠、大鼠、人、羊、牛、鸡、猪、鱼等)、植物(拟南芥、水稻、棉花、小麦、土豆、番茄、苹果、葡萄、白菜、苜蓿二穗短柄草等)、微生物(大肠杆菌、禾谷镰刀菌、弧菌等)以及复杂组织(如土豆块茎、脂肪细胞)。
  3. 高成功率:组蛋白ChIP-seq成功率接近100%,转录因子ChIP-seq成功率超过95%RIP-seqCLIP-seq成功率接近95%
  4. 严格质检:IP抗体进行严格的质检和效价评估,对实验体系耐心优化,并提供详细的质检报告,可供文章发表使用。
  5. 数据分析:自主开发的分析流程,特有的Peak calling技术,可提供个性化、多组学关联分析,帮助解析目的蛋白调控机制。

 

结果展示

Peak RNA 上的分布

Peak 相关基因的 KEGG 通路富集分析 

  

 

Peak motif 分析

 

案例解析

CLIP-seq 确定旁斑参与 pri-miRNA 加工成熟

旁斑立的NONOPSPC1PSF lncRNANEAT1同形 成旁斑结构。作者发现旁斑广泛参与 pri-mi-RNA 的加工,敲除其组成蛋白导致大部分 miRNA 表达下调。 在研究旁斑参与 miRNA 加工的机制中,作者首先使用了 CLIP 测序分别鉴定 NONOPSF 直接结合的靶标 RNA。单独使用 NONO 抗体亦或 PSF 抗体都能将两个蛋白形成的异二聚体沉淀下来。CLIP 测序结 果显示:在 Hela 细胞中表达的 pri-miRNA 中,约 2/3 都被 NONOPSF 结合,且 NONOPSF 的结合峰 分布非常吻合,在产生 6 种成熟 miRNApri-miRNA 序列位置的结合峰尤其明显,说明 NONO-PSF 形成二聚体共同参与 pri-miRNA 的加工成熟。

 

参考文献

Jiang L, Shao C, Wu Q J, et al. NEAT1 scaffolds RNA-binding proteins and the Microprocessor to globally enhance pri-miRNA processing[J]. Nature structural & molecular biology, 2017.

 

详细案例解读:技术支持链接