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外显子组测序
产品简介

外显子(exon)是真核生物基因的一部分,它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。外显子组序列仅占全基因组序列的1%左右,但大多数疾病相关的基因变异均发生在外显子区域。外显子测序相对于基因组重测序而言,只需针对外显子区域的DNA进行测序,其覆盖度更深、数据准确性更高,也更加简便、经济、高效。特别是对于研究已知基因的SNPInDel 等,具有较大的优势,在疾病的检测和分析领域具有独特的优势和广泛的应用。

 

技术流程

 建库方法                                                                                       项目流程                     

 

技术优势
  1. 基于全外显子探针捕获
  2. 捕获效率高、覆盖度好,确保精确的文库和高质量的数据
  3. 同时检测多种变异:单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(InDel)和结构变异(SV)等
  4. 基本分析+高级分析,为您的项目提供最佳解决方案

 

结果展示

          样品间拷贝数变异分布                                                                                  SNP突变类型频率统计

 

InDel沿参考基因组分布图

 

案例解析

外显子组测序确定促结缔组织增生性黑色素瘤中致病基因NFKBIE启动子突变

促结缔组织增生性黑色素瘤是一种罕见的黑色素瘤。作者对62名促结缔组织增生性黑色素瘤患者进行了基因组、外显子组测序,随后对其中的42个病例的293个基因进行靶向测序。

发现该肿瘤中有非常高的基因突变率,(突变率中位数:62突变/Mb)。在这些突变中,14.5%的样本发生了编码NF-κB抑制剂εIκBε)的基因NFKBIE的启动子突变。而在普通黑色素瘤中常发的致瘤突变,尤其是BRAFNRAS突变,却并不发生于促结缔组织增生性黑色素瘤。73%的促结缔组织增生性黑色素瘤样本中发现了激活MAPKPI3K的信号通路的基因变异,如NF1CBLERBB2MAP2K1MAP3K1BRAFEGFRPTPN11METRAC1SOS2PIK3CA等,这些突变基因有望成为靶向治疗的靶标。

促结缔组织增生性黑色素瘤是突变率最高的癌症之一,62个肿瘤样本中突变率中位数是62突变/Mb,而普通皮肤黑色素瘤的突变率大约只有15突变/Mb。在促结缔组织增生性黑色素瘤中,88%的突变为C>T的碱基置换,说明紫外线照射是主要的诱变因素。

通过筛选富集样本中多次出现的突变,找到了新的致病突变基因NFKBIE,确定了导致功能缺失的基因突变(如截断突变、错义突变)。

参考文献

Shain A H, Garrido M, Botton T, et al. Exome sequencing of desmoplastic melanoma identifies recurrent NFKBIE promoter mutations and diverse activating mutations in the MAPK pathway[J]. Nature Genetics, 2015, 47(10):1194-9.