科技服务
scientific research
染色质开放性测序--ATAC-seq
产品简介

染色质分为常染色质和异染色质,而常染色质处于松散的开放状态,允许反式作用因子结合顺式调控元件,进而调控基因表达。ATAC-seq 利用tn5 酶切割并捕获染色质开放区域,结合高通量测序和生信分析,可以系统研究全基因组范围内染色质开放区域,是表观调控研究的新方向。

技术流程

技术优势
  1. 国内核酸-蛋白互作研究服务领跑者,由加州大学圣地亚哥分校(UCSD)、武汉大学、华中农业大学博士后组建的团队,成员已在NatureCellMelecular CellNat.Struct.Mol.Biol等知名期刊发表文章十余篇;
  2. 实验流程精简,交付周期更短,性价比更高;
  3. 技术重复性好;
  4. 全面的多组学关联分析。
部分结果展示

ATAC-seq的应用

案例解析

ATAC-seqChIP-seqRNA-seq关联分析揭示转录因子FOXA1的临床意义

FOXA1是驱动型转录因子(pioneer TF),其突变能引起一定类别的前列腺癌。 作者通过对3086例原发性和转移性前列腺癌组织样本的调查,发现FOXA1 基因在前列腺癌中存在不同类型的突变,并且通过细胞模型和动物模型证明这些FOXA1基因突变对前列腺癌的发生或转移有促进作用。最后作者通过ATAC-seqChIP-seqRNA-seq等 技术研究FOXA1不同突变类型的作用机制。发现FoxA1竞争性结合AR调控的基因,并且不同的突变类型造成的结合位点不同,引起的染色质开放区域也不同,导致相关基因表达具有突变特异性。

参考文献: Adams EJ et al., FOXA1 mutations alter pioneering activity, differentiation and prostate cancer phenotypes. Nature, 2019, 571(7765):408-412

具体文章解读可以关注康测科技微信公众号,点击"Nature: 如何选择具有临床意义的基因并揭示其功能”。

 

武汉康测科技有限公司是由加州大学圣地亚哥分校(UCSD)、武汉大学、华中农业大学博士团队创建的高新技术企业。截至2017年底,团队核心成员已在Nature、Cell、Molecular Cell、Nat. Struct. Mol. Biol.、Proc Natl Acad Sci USA、Cell Reports等国际顶级期刊发表文章十余篇。公司秉承技术创新、服务至上的核心理念,与多所985/211院校、中国科学院的实验室建立了长期合作关系。

公司研发团队于2017年成功开发出绝对定量转录组(KC-DigitalRNA)、免疫组库(KC-IRQuant)、16S rDNA绝对定量、ctDNA检测(KC-SMP)等4项建库技术,并成功申请发明专利和配套数据分析系统的软件著作权。成为中国首家UID(UMI)绝对定量高通量测序服务平台,为广大科研工作者提供转录组(mRNA、lncRNA)/TCR/BCR/ctDNA/肠道微生物多样性等多种绝对定量测序服务。

地址:武汉市东湖高新技术开发区高新大道666号光谷生物城C1栋
电话:027-6552 7552
网站:www.seqhealth.cn
邮箱:seqhealth@seqhealth.cn