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绝对定量转录组测序(UMI RNA-seq)
康测科技RNA相关测序产品,全线采用了KC-digital RNA-seq绝对定量UMI测序技术。测序结果的准确性受到文库扩增时PCR偏好性的极大影响:RNA相关测序技术在文库的构建过程中都需要使用PCR扩增,从而产生重复的分子片段;在测序过程的PCR扩增中,也会产生重复的分子片段。但是所有的文库片段并非以同等速率等量的扩增,扩增速率受到片段长度、GC含量、片段浓度等多方面的影
mRNA测序
mRNA-seq是为检测mRNA表达、加工发展出来的高通量测序技术。其技术原理,是对RNA中含有polyA尾的mRNA和部分lncRNA,使用oligo dT进行富集。进而对富集下来的mRNA/lncRNA进行片段化,经过逆转录、公共测序接头连接、PCR扩增之后,得到测序文库。进而对测序结果进行生物信息学分析,从而获得RNA中的基因表达、可变剪接、RNA编辑等信息。
miRNA测序
miRNA是一类长度为10-30 nt的调控RNA,它可以通过降解mRNA、调控翻译的起始、延伸等过程,调控基因的表达。miRNA绝大部分是pol II转录的pri-miRNA经过一系列加工过程成熟的。
lncRNA测序
LncRNA-seq是为lncRNA的鉴定、表达检测发展出来的测序方法。其技术原理,是对RNA中含量最高的rRNA进行剔除,进而通过磁珠筛选去除含量较高的小型RNA如tRNA、snRNA等,然后对剩下的所有RNA进行建库测序。上述处理之后的RNA中,除了lncRNA外,还包含全部的pre-mRNA、mRNA和部分circular RNA。
circRNA测序
circRNA-seq是设计专门用来高通量检测circular RNA的方法。其原理是利用circular RNA环状结构、核酸外切酶无法切割的特征,使用RNase R消化线性RNA,富集circular RNA;进而对富集的circular RNA进行测序文库的构建、高通量测序和生信分析,对circular RNA进行系统性鉴定,其实验步骤如下:RNA中占比最高的核糖体RNA
互作转录组测序
互作转录组(Dual RNA-seq)就是为了解决此类问题开发出的测序技术。Dual RNA-seq无需分离两物种,同时提取病原体和宿主的RNA,只构建一个转录组文库,便能同时对2个(或多个)物种的基因表达情况进行测序和分析,从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。同时,还可以通过互作模型图获得物种间基因的调控关系,得到两物种间的相互作用机制。
CAGE-seq
真核生物mRNA的成熟需要经历三个主要的加工过程:剪接、5'加帽、3‘加尾;而5‘加帽则是其中第一个加工步骤:在RNA被转录出25-30个碱基就会开始加帽修饰。因此,成熟mRNA的5’末端都带有m7G帽子结构。 mRNA的5‘ cap具有重要的生物学功能:它一方面可以保护RN
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