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scientific research
单细胞ATAC测序
产品简介

10x Genomics的Chromium Controller是基于微流控技术的单细胞文库制备系统,可以同时获 得3000-80000以上的单细胞,制备文库和Illumina平台兼容,通过测序实现对高通量单细胞数据 进行细胞群体的分类以及细胞群体间基因表达的差异分析。10x Genomics单细胞表达分析可应用 的细胞类型众多,如肿瘤细胞、免疫细胞、干细胞、神经细胞、生殖细胞、胚胎细胞等。是研究肿瘤异质性,免疫细胞群体和胚胎发育的优秀方法。

实验流程

一、文库制备

10x scATAC-seq基于GemCode微流体平台,首先利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使DNA片段化,并在DNA片段的末端添加测序引物;其次,带有标签(Barcode)的凝胶珠(GelBeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成GEMs;随后凝胶珠溶解,细胞核裂解释放DNA片段,并在片段末端加上标签;GEMs破裂后,回收带有标签的DNA,构建文库;最后,利用Illumina测序平台对文库进行高通量测序。

 

信息分析流程

性能分析

 1.单细胞分辨率下的表观基因组研究                

2.低线粒体reads数(例如,GM12878细胞<2%)                

3.每个通道可捕获500-10000个核(每个芯片8个通道)                

4.65%的核捕获率              

5.细胞系、原代细胞、新鲜和冷冻保存的样品均兼容          

6.每个细胞的染色质开放状态分析和可视化分析

部分结果展示

                                       A:Cell Ranger  数据统计                  B: 插入片段长度                    C: Reads 在TSS上下游的分布

D: 细胞聚类分析             E: 指定基因reads分布图             F: TF_motif富集聚类热图                   G: TF和基因互作网络图

 

 

 

优势总结

1.真正的单细胞测序:通过油滴-barcode-单细胞的对应关系,实现真正意义上的单细胞测序;

2.细胞捕获效率高:单个细胞捕获效率高达65%,可准确鉴别稀有细胞类型;

3.测序平台兼容度广:与Illumina各种型号的平台高度兼容;

4.性价比高:相较于其他单细胞平台,操作简单,价格优惠;

5.超高通量:单个样本细胞检测数范围1000-10000;

6.丰富的多物种多组织类型单细胞悬液制备经验;

7.提供个性化分析。