CLIP测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing)

简介

CLIP-Seq(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高 通量测序, 通过高通量研究RNA结合蛋白(RNA Binding protein,RBP)在体内与众多 RNA 靶标的结合模式,并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示 RNA分子与RBP相互作用的革命性技术。也被应用到 miRNA 靶标鉴定、lncRNA生物学功能研究等工作中。

CLIP-seq 的应用范围:(1)绘制全基因组范围的RNA和RBP相互作用图谱,解析“Argonaute(Ago)—miRNA—mRNA”三者的相互作用;(2)RBP与miRNA、lncRNA等非编码RNA的作用网络与功能的发现;(3)与 RIP-seq 相比,可以鉴定RBP和RNA之间的直接相互作用,确定 RBP 与miRNA、lncRNA 等非编码 RNA 的精确结合位点。


建库方法


技术流程


部分结果展示

Peak在RNA上的分布


Peak的motif分析


Peak相关基因的KEGG通路富集分析



康测技术优势

  • 专攻 IP(ChIP、RIP、CLIP)的博硕团队,拥有十年丰富的经验积累
  • 提供专业的抗体选择辅助指导,并对抗体进行质检、效价分析,提供文章发表质量的 IP 报告
  • 特有的Peak calling技术
  • 提供个性化的分析报告,可根据客户需要提供关联分析、解析目的蛋白调控机制

案例解析

旁斑是细胞核内的一种独立的核糖核蛋白小体,NONO、PSPC1、PSF 和 lncRNA——NEAT1,共同形 成旁斑结构。作者发现旁斑广泛参与 pri-mi-RNA 的加工,敲除其组成蛋白导致大部分 miRNA 表达下调。 在研究旁斑参与 miRNA 加工的机制中,作者首先使用了 CLIP 测序分别鉴定 NONO 和 PSF 直接结合的靶标 RNA。单独使用 NONO 抗体亦或 PSF 抗体都能将两个蛋白形成的异二聚体沉淀下来。CLIP 测序结 果显示:在 Hela 细胞中表达的 pri-miRNA 中,约 2/3 都被 NONO–PSF 结合,且 NONO 和 PSF 的结合峰 分布非常吻合,在产生 6 种成熟 miRNA 的 pri-miRNA 序列位置的结合峰尤其明显,说明 NONO-PSF 形成二聚体共同参与 pri-miRNA 的加工成熟。

参考文献:

Jiang L, Shao C, Wu Q J, et al. NEAT1 scaffolds RNA-binding proteins and the Microprocessor to globally enhance pri-miRNA processing[J]. Nature structural & molecular biology, 2017.