MeRIP测序(m6A甲基化测序)

简介

m6A甲基化修饰在基因表达调控、mRNA剪接、RNA编辑、RNA稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。

甲基化RNA免疫共沉淀结合高通量测序(Methylated RNA Immunoprecipitation with Next Generation Sequencing,MeRIP-Seq)是研究细胞内转录组表观修饰的最新技术。这项技术通过使用N6-甲基腺嘌呤抗体富集高甲基化的RNA片段,然后结合高通量测序,在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域,从而比较不同细胞、组织、样本间的RNA甲基化修饰模式的差异,可帮助解决细胞分化、生物发育、疾病发生发展、热休克反应等生物学问题。


建库方法


技术流程


部分结果展示

Peak在UTR和CDS区的分布


peak相关基因的KEGG Pathway富集图


Peak的motif分析


康测技术优势

  • 对抗体进行严格质检、效价分析,提供文章发表质量的IP报告;
  • 对MeRIP实验体系进行精心优化
  • 特有的Peak calling技术
  • 提供个性化分析报告,可根据客户需要提供关联分析、解析m6A调控机制

案例解析

脊椎动物中,造血干/祖细胞(HSPC)来源于生血内皮,通过内皮-造血转换(EHT)方式在主动脉血管底部产生。Mettl3是RNA甲基转移酶,敲除Mettl3造成胚胎造血功能发育受损,EHT受到抑制,内皮细胞不能分化为HSPC, HSPC相关marker表达量显著减少。 Mettl3敲除后,Mettl3蛋白表达量和全基因组的m6A水平均下降(MeRIP-seq结果显示,m6A修饰水平上调的基因478个,下调的基因多达4593个),这些m6A修饰水平下调的基因可能为Mettl3的调控靶标,且GO富集到RNA处理、胚胎发育相关term,说明m6A修饰与发育有关。

选取受精后28小时的正常胚胎和敲除Mettl3的胚胎的内皮细胞进行RNA-seq,检测到Mettl3敲除胚胎中2393个基因上调,1386个基因下调,上调基因显著富集到Notch和血管发育term。关联分析RNA-seq和MeRIP-seq结果,在4593个Mettl3潜在靶标中,462个基因显著下调,680个显著上调,且上调基因与生血内皮发育显著相关。在上调基因中,作者筛选到Notch1a表达量显著上调,而m6A修饰几乎没有,很有可能是受到m6A修饰调控的HSPC分化关键基因。作者还发现Mettl3敲除胚胎中Notch1活性显著上升。 调控途径:RNA甲基转移酶Mettl3催化→ Notch1a的m6A修饰→ Notch1活性→造血发育、EHT。

参考文献:
Cui Q, Shi H, Ye P, et al. m6A RNA Methylation Regulates the Self-Renewal and Tumorigenesis of Glioblastoma Stem Cells.[J].Cell Reports, 2017, 18(11):2622.