RIP测序(RNA-immunoprecipitation and high-throughput sequencing)

简介

RIP-seq(RNA-immunoprecipitation and high-throughput sequencing)是RNA免疫共沉淀与高通量测序结合的技术,它通过免疫沉淀目标蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA。将捕获的RNA进行高通量测序,可获得RNA结合蛋白(RBP)在体内与众多RNA靶标的结合模式,并对其结合强度进行精确定量,最终通过分析目的蛋白在体内结合RNA的动态变化,阐述出目的蛋白对基因表达调控的分子机制。这是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RBP相互作用的革命性技术。 RIP-seq 与CLIP-seq即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序相比,CLIP-seq需要先紫外交联,再进行免疫共沉淀,对操作要求高,成本也更高。而RIP-seq省略了紫外交联步骤,操作更加简单,成功率更高。 RIP-seq技术并不局限于miRNA与RBP的传统研究,近期有许多研究发现了lncRNA和蛋白的互作,而lncRNA通过多种的分子机制参与到广泛的生物学过程中,RBP与lncRNA的互作网络为lncRNA的细胞机制和疾病的发生、发展提供新的研究线索和方向。

RIP-seq的应用范围:
  • 研究细胞内RNA与蛋白的结合情况;
  • 绘制全基因组范围的 RNA 和RBP相互作用图谱,解析“Argonaute(Ago)—miRNA—mRNA”三者的相互作用;
  • 发现 RBP 与miRNA、lncRNA等非编码RNA的相互作用网络与功能。

建库方法


技术流程


部分结果展示

Peak在基因组各功能区的分布


Peak在UTR和CDS区的分布


样品聚类分析


Peak相关基因的GO分析


Peak相关基因的KEGG信号通路富集分析


Peak的motif分析


康测技术优势

  • 优化的RIP实验体系,RIP建库起始量低至30~50ng RNA
  • 专攻IP(ChIP、RIP、CLIP)的博硕团队,拥有十年丰富的经验积累
  • 为客户选择抗体提供辅助指导,并对抗体进行质检、效价分析,提供文章发表质量的IP报告
  • 特有的Peak calling技术
  • 提供个性化的分析报告,可根据客户需要提供关联分析、解析目的蛋白调控机制

案例解析

Sm蛋白是在真核、原核、无细胞生物中均存在的一类高度保守的RNA结合蛋白家族。在真核生物中,多聚体Sm蛋白与其相关的RNA共同组成核糖核蛋白(RNP)复合物,在多方面对基因的表达调控产生重要影响。文章作者通过RIP-seq技术对果蝇卵巢细胞和人体细胞中与Sm蛋白相互作用的RNA进行了分析鉴定。发现了3类Sm蛋白相关的转录本,即小核RNA(snRNA),小Cajal体RNA(scaRNA)以及mRNA。它们之间的相互作用既广泛存在又具有组织特异性,其中Sm蛋白与mRNA的互作是由小核核糖核蛋白(snRNP)介导的,介导机制之一为碱基配对。作者还发现,Sm蛋白相关的mRNA为成熟mRNA,证明SmRNP具有独立的RNA剪接功能。

RIP-seq鉴定了在果蝇和人类中,与 sm相关的三类RNA

不同类型的细胞中,与Sm蛋白结合的RNA的量具有组织特异性


参考文献:
Zhipeng Lu, Xiaojun Guan et al. RIP-seq analysis of eukaryotic Sm proteins identifies three major categories of Sm-containing ribonucleoproteins[J]. Genome Biology 2014, 15:R7.