TCR测序(TCR-seq)

简介

T细胞受体(T cell receptor,TCR)是T细胞表面特异性识别抗原呈递细胞(APC)呈递的抗原和介导免疫应答的异二聚体分子,95%的TCR由α、β两条t肽链构成,具有高度多样性。

T细胞受体库测序(T cell receptor repertoire sequencing,TCR-Seq)通过高通量测序技术(High-throughput sequencing,HTS)检测靶向扩增后的TCR序列,分析其多样性,以及T细胞识别抗原前后,TCR基因重排碱基序列和各序列的丰度。它能反映机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态改变,可用于研究不同T细胞克隆的转录情况和相互间关系,从而揭示更深层次的T细胞功能特异性。

TCR-seq被广泛应用于肿瘤免疫、感染免疫、移植排斥、自身免疫等疾病的临床试验和科学研究,为其提供可靠、灵敏、精确的预测、诊断和监测方案及治疗建议。


建库方法


技术流程

分析结果展示

J基因使用频率分布图


V-J基因对使用频率分布图


CDR3编码产物motif分析



康测技术优势

  • 康测科技专利RNA(靶向)建库技术,缩短建库时间的同时提高建库效率;
  • 自主创新的UID技术帮助实现TCR表达量的绝对定量;
  • 提供从样本处理、TCR扩增、建库测序到数据分析的一站式完善服务。

案例解析

通过TCR-seq获得α链和β链全长序列信息,发现大部分细胞的TCR 中α链和β链都是唯一的。拥有一对完全一样的α链和β链可能来源于同一祖细胞,α-β链配对模式为3个以上细胞共有的情况,作者将其定义为扩增克隆。

图 肿瘤组织中,有两个甚至多个克隆TCR的T细胞比例升高

在正常组织和外周血中发现的克隆TCR只占总CD8+ T细胞的10%左右,而在肿瘤组织中,该比例高达约30%。与外周血或癌旁组织相比,在肿瘤组织CD8 +T细胞的TCR克隆要高得多,在调节T细胞中也发现了类似的富集现象,这可能是由于肿瘤病灶处的T细胞被激活并增殖导致的。

肿瘤微环境内的T细胞易于发生耗竭或调节T细胞发生抑制,在HCC肿瘤微环境中的肿瘤浸润细胞,效应CD8+T细胞更少,而耗竭细胞更多。且越是晚期的患者,T细胞的耗竭趋势越明显。克隆的T细胞群(含有4个以上的克隆细胞)也更多的表现出耗竭趋势。

参考文献:

Zheng C, Zheng L, Yoo J K, et al. Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing.[J]. Cell, 2017, 169(7):1342-1356.