DNA靶向测序(DNA Target Region Sequencing)

简介

目标区域测序,也称靶向测序,是利用PCR或探针杂交的方法对感兴趣的基因组区域进行捕获和富集并进行高通量测序的一种技术手段。 与传统的一代测序,全基因组测序以及全外显子测序相比,目标区域测序的研究区域明确、检测效率更高、研究周期更短,研究成本也更低。目标区域测序适合同时对大量样本进行研究,有助于发现和验证疾病相关候选基因或相关位点,明显的技术优势使得靶向测序在临床诊断和药物开发方面有着巨大的应用潜力。


建库方法


技术流程


分析结果展示

SNPs基因及功能注释


融合基因 Circos图


变异基因KEGG通路分类图


Transfic预测驱动基因统计


Transfic预测驱动基因SNP位点统计


康测技术优势

  • 康测科技专利建库技术KC-AMP、KC-SSMP技术建库,可以检测基因组中任何感兴趣的区域
  • 微量起始DNA建库量
  • 超短建库时间: 整个文库构建可以在6h内完成
  • 超高测序深度:100-1000X
  • 超低检出限:0. 1%

案例解析

本研究对31例FFPE标本进行46基因的panel测序,每个样本所用的DNA量低至10ng,所有样本均建库成功。检测结果与传统方法检测的一致性为100%,除此之外,利用NGS技术还额外检测出了APC, ATM, CDKN2A, CTNNB1, FGFR2,FLT3, KDR, KIT, KRAS, MLH1, NRAS, PIK3CA, SMAD4, STK11和TP53等基因的新突变。

图 利用NGS技术检测到BRAF基因上的一个低频变异

参考文献:

Kanagalshamanna R, Portier B P, Singh R R, et al. Next-generation sequencing-based multi-gene mutation profiling of solid tumors using fine needle aspiration samples: promises and challenges for routine clinical diagnostics[J]. Modern Pathology, 2014, 27(2):314.