转录组测序报告都说了些啥?
转录组测序报告都说了些啥?

RPKM值用于衡量基因的表达量,在转录组测序结题报告中的表达量比较分析均以RPKM值为基础。RPKM是Reads Per Kilobase per Million mapped reads的缩写,代表每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数。RPKM是将map到基因的read数除以map到基因组上的所有read数(以million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。Read More


案例解析:TCR测序揭示肝癌中肿瘤浸润T细胞全景
案例解析:TCR测序揭示肝癌中肿瘤浸润T细胞全景

当机体受到外源性入侵时,免疫系统会召集所有免疫细胞亚群通过产生免疫反应与病原体进行对抗。由于病原体存在着多种多样的差异,因而相应产生的免疫反应和和每个阶段内涉及的细胞类型也有所不同。Read More


还不知道TCR测序就OUT啦!
还不知道TCR测序就OUT啦!

当机体受到外源性入侵时,免疫系统会召集所有免疫细胞亚群通过产生免疫反应与病原体进行对抗。由于病原体存在着多种多样的差异,因而相应产生的免疫反应和和每个阶段内涉及的细胞类型也有所不同。Read More


TCR测序的应用
TCR测序的应用

TCR-seq被广泛应用于肿瘤免疫、感染免疫、移植排斥、自身免疫等疾病的临床试验和科学研究,为其提供可靠、灵敏、精确的预测、诊断和监测方案及治疗建议。Read More


高通量测序中的Duplication
高通量测序中的Duplication

Duplication过多会对测序、比对、表达量分析等产生干扰,如果一个片段通过PCR扩增、测序,产生了重复reads,在比对参考基因组时,这些重复的reads均会被比对到参考基因组,影响reads在全基因组的分布。而在分析表达量时,重复reads则直接造成表达量高于实际表达量,同时duplication过高通常伴随着文库复杂度低、一些序列片段信息丢失,这些片段信息的丢失则导致测序获得的表达量低于实际表达量。因此,duplication过高意味着表达量的分析不够准确。Read More


案例解析:旁斑参与pri-miRNA的加工成熟
案例解析:旁斑参与pri-miRNA的加工成熟

miRNA 是一类长度 21~22nt 的非编码 RNA,在转录后调控中发挥重要的作用。约 80%的 已 注 释 的 miRNA 由 来 自 于 不 同 的 编 码 或 非 编 码 起 始 转 录 本 —pri-miRNA 经DROSHA-DGCR8 微加工体加工成 pre-miRNA,再经 Exportin5 运输到细胞质并被 DICER 酶进一步加工形成成熟的 miRNA。之前的研究表明某些 pri-mRNA 的加工是与转录是同时发生的,但基因组层面上的大多数 pri-mRNA 的加工是否是与转录同时发生,这种所谓的“共转录”加工或可能的转录后加工是通过何种机制发生的,对于进一步理解 miRNA 的生物合成和特定组织细胞内的调控机制至关重要。Read More