技术支持
Support
用于ChIP-seq的抗体该如何选择?
2018-11-01

抗体是ChIP-seq中最非常关键的因素,它直接影响着ChIP实验的成败。ChIP-seq使用的抗体该如何选择呢?

单克隆还是多克隆抗体?

单克隆或多克隆抗体都可用于ChIP实验。

单克隆抗体只识别目的蛋白的单个表位,因此有非常高的特异性,和较低的非特异结合、较低的背景和杂带,而且生产批次稳定。但是单克隆抗体识别的表位可能位于蛋白与DNA结合位置或因联过程而被掩蔽,这种情况就导致抗体不能结合该表位导致实验失败,但这种情况通常极少出现。

多克隆抗体识别多个抗原表位,可以更有效地结合目的蛋白、成功率更高;但非特异结合也增加,导致杂带更多。多克隆抗体的生产批次不稳定。

 

 是否一定要选择ChIP级别的抗体?

ChIP级别(ChIP Grade)的抗体对抗体纯度、特异性方面都比较高,是ChIP实验的首选。此外通过ChIP或IP测试的抗体也可以用于ChIP-seq。尽量不要选择没有标注ChIP应用,或标注未检测的抗体,否则往往只会浪费时间。

根据标注的应用选择抗体

优先选择大品牌的抗体,比如abcam、merck millipore、CST等品牌,可选的产品较多,批次之间的效果一致性也更有保障。组蛋白H3K4me3、H3K9me3、H3K27ac通常等都能找到商业化的可用于ChIP、IP抗体。

 

 其他应用测试的抗体作为备选

但是许多转录因子的抗体并不是ChIP或IP级别的抗体,在这种情况,也可以考虑标注了其他应用,如免疫荧光、免疫组织化学、流式细胞术的抗体。此时要尽量选择通过多种应用测试的抗体,这些抗体比仅通过WB、ELISA测试的抗体效果要好得多,相对更可能产生阳性的ChIP结果。

尽量选择通过多种应用测试的抗体,而非仅通过WB、ELISA测试的抗体