SRSF6与结直肠癌发生相关
SRSF6是富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子,在结直肠癌症组织的达量显著高于正常组织,高表达的SRSF6与不良预后相关。细胞实验和动物实验证明SRSF6能促进结直肠癌细胞增殖、迁移和侵袭,以及诱发肿瘤和肺转移。
SRSF6调控ZO-1的可变剪接
mRNA-seq:使用无处理的结直肠癌细胞系SW620作为对照,敲除SRSF6的SW620细胞作为处理,进行RNA测序,分析可变剪接事件。发现差异可变剪接事件1158个,其中PSI(Percent spliced in,表示可变剪接发生的程度)在719个可变剪接事件中上调,在439个可变剪接事件中下调。其中698个(约60%)可变剪接事件为盒式外显子(CA),包括外显子跳跃和保留,SRSF6对外显子的跳跃和保留均有调控作用。这些可变剪接事件与细胞粘附分子结合途径、细胞骨架蛋白结合相关。
RIP-seq:寻找SRSF6结合的转录本,和motif:UGGAG、UGGAC。
RIP-seq和RNA-seq关联分析:关联分析SRSF6调控的可变剪接体和SRSF6结合的转录本,筛选到ZO-1(表达重要的细胞粘附分子)的23号外显子保留的可变剪接体在SRSF6敲除后显著增加,且23号外显子含有motif序列UGGAC,RIP实验验证SRSF6与该motif特异性结合,motif的第一个碱基U或第三个碱基G突变后,不能被SRSF6结合。
作者构建了EGFP报告基因系统,23号外显子跳读可保留EGFP的开放阅读框(ORF),23号外显子保留则破坏ORF,EGFP不能顺利表达。结果证明SRSF6敲除显著降低了EGFP表达,说明SRSF6敲除导致ZO-1的23号外显子保留。
ZO-1的异常可变剪接促进结直肠癌发展
作者(使用si-1和si-2)敲除结直肠癌细胞中含有23号外显子的可变剪接体ZO-1 E23+,以及同时敲除两种ZO-1可变剪接体(si-1732和si-3026)。结果发现敲除SRSF6的结直肠癌细胞迁移和侵袭能力受损,若同时敲除ZO-1 E23+可变剪接体,可以恢复细胞的迁移和侵袭能力。
氧化偶氮甲烷(AOM)处理建立的结直肠癌小鼠模型中,SRSF6表达上调,同时发生ZO-1的23号外显子跳跃,不含23号外显子ZO-1可变剪接体(ZO-1 E23-)上调,而含23号外显子的ZO-1 E23+下调,肿瘤中的23号外显子的PSI(Percent Spliced In)下调(PSI表示可变剪接发生的程度)。说明SRSF6促进ZO-1的23号外显子跳跃,促进结直肠癌发展。
SRSF6与RNA结合的关键结构域RRM2
作者还发现SRSF6通过其结构域RRM2识别并结合motif UGGAC发挥作用,并筛选到药物indacaterol(茚达特罗),能够与SRSF6结合、靶向SRSF6调控可变剪接,对多种结直肠癌细胞具有杀伤作用,从而抑制结直肠癌恶化,今后有望用于结直肠癌的治疗。
参考文献
Wan L, Yu W, Shen E, et al. SRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer[J]. Gut, 2017:gutjnl-2017-314983.