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 染色质免疫共沉淀(ChIP)
2019-04-16


  染色质免疫共沉淀(ChIP)是在体内环境中研讨蛋白质与DNA相互效果的经典试验办法,广泛应用于组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控效果等相关领域。随着新一代测序技术的开展和成熟,染色质免疫沉淀试验与高通量测序的整合——Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP Sequencing ),可在全基因组规模对蛋白结合位点进行高效而精确的挑选与鉴定,一起也为研讨的深入开展打下根底。



采用特异性抗体对意图蛋白进行免疫沉淀后,分离与其结合的基因组DNA片段,再通过高通量测序与数据剖析,在全基因组规模内寻找意图蛋白的DNA结合位点,而且能够根据多个样品进行差异比较。

  检测规模广:全基因组规模的免疫沉淀与测序剖析;

  高性价比:根据抗体富集目标区域,有用下降测序数据量;

  微量样本:只需5ng(仅针对人类样本)以上免疫沉淀后的DNA,即可进行测序剖析。

一、标准信息剖析



  1. 去接头污染,去低质量reads和产量状况统计

  2. ChIP测序序列与参考基因组序列的比对

  3. ChIP测序唯一reads在全基因组的分布

  4. 统计ChIP测序数据富集区域(Peak)的信息

  5. Peak相关基因挑选与GO功能聚类剖析、Pathway剖析

  6. 多个样品间的定量差异剖析

  7. UCSC genome browser使用说明






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