技术支持
Support
生物剖析RIP-seq测序
2019-04-25

​生物剖析RIP-seq测序
RIP-seq是以RNA 结合蛋白免疫沉积(RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay, RIP)为根底,采用特异性抗体对RNA结合蛋白进行免疫共沉积。沉积后,别离RNA,通过高通量测序,在全转录组范围内对细胞内RNA与蛋白结合情况进行剖析。 RIP-seq可在全转录组范围内揭示RNA分子与RBP相互作用,包含非编码RNA与蛋白的互作。

应用领域

特定蛋白特异结合的RNA区域或品种

不同蛋白结合RNA品种差异剖析

miRNA靶向调控基因

技术路线

剖析内容

1.数据过滤与质量评估:测序质量评估、碱基组成与质量剖析、过滤信息计算;

2.比对计算:比对核糖体、比对参考基因组、基因组测序深度散布、reads在染色体上的散布;

3.peak剖析与注释: peak calling、peak 富集倍数散布、peak 相关基因剖析、peak在基因功用元件上的散布、Peak相关基因的GO/ KEGG功用富集剖析、peak以及周边基因结构的可视化;

4. motif剖析检测蛋白特异性结合位点;

5.多样品间的差异剖析:样本关系剖析、差异peak剖析、差异peak相关基因GO/KEGG功用富集剖析。


样品要求

RIP捕获的RNA>500ng,浓度>30ng/μL,OD260/280为1.8-2.0,OD260/230为1.5-1.8。

项目周期

规范流程完结时刻为50个工作日。

 

 

 

           以上文章来自RIP测序,如有雷同请告诉批改,如有转载请说明出处!