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喜报频传 | 康测科技又又又发文章啦~
2019-05-08

近日,康测科技客户和团队成员共3有篇文章见刊,运用ChIP测序、转录组测序、全基因组重测序,我们一起来看看吧~

转录因子TCF21通过促进LPL基因表达调控前脂肪细胞分化

文章题目:A Novel Regulator of Preadipocyte Differentiation, Transcription Factor TCF21, Functions Partially Through Promoting LPL Expression

发表期刊:Frontiers in Physiology

影响 因子:3.394

发表单位东北农业大学

前脂肪细胞的转录因子TCF21 ChIP由康测科技(SeqHealth Technology)完成

转录因子TCF21已被证明在小鼠的白色前脂肪细胞中特异性表达。然而,其在脂肪生成过程中的确切生物学功能仍未知。

这项研究中,作者根据腹部脂肪含量选择鸡系,观察到瘦肉鸡腹部脂肪中TCF21 的mRNA和蛋白水平显著低于脂肪肉鸡。此外,TCF21的表达随着体外脂肪细胞前分化而增加。我们还发现TCF21的下调和过表达分别减弱和促进前脂肪细胞的分化,脂肪滴积累和相关marker C/EBPa、LPL和A-FABP表达产生相应变化。

敲除TCF21减弱前脂肪细胞的分化

使用前脂肪细胞进行转录因子TCF21的ChIP-qPCR和荧光素酶实验,结果表明,TCF21直接与LPL启动子中的E-box 基序结合,促进了LPL的转录表达。综上,TCF21是一种新的脂肪细胞分化调节因子,可直接促进LPL的表达。

转录因子TCF21 ChIP-qPCR结果(TCR21带有HA标签)

 

 

C/EBPβ在PERK/ATF4通路介导的棕榈酸盐诱导肌球蛋白表达机制中发挥调控作用

文章题目:C/EBPβ mediates palmitate-induced musclin expression via the regulation of PERK/ATF4 pathways in myotubes

发表杂志:American Journal of Physiology-Endocrinology and Metabolism

影响因子:4.018

发表单位:哈尔滨工业大学

转录组测序分析由康测科技(SeqHealth Technology)完成 

肌球蛋白(musclin)是肌肉分泌的细胞因子,在Ⅱ型糖尿病中表达升高,可破坏Ⅱ型糖尿病患者对葡萄糖的摄取和糖原合成功能。本文主要研究棕榈酸盐(palmitate,PA)治疗中肌球蛋白基因表达调控的机制。

分别取棕榈酸盐治疗前和治疗后的细胞,进行RNA测序,结果表明,棕榈酸盐治疗使Cebpb基因表达上调,棕榈酸盐激活的生物过程主要富集于内质网应激反应。

已有研究表明PERK信号通路参与调节棕榈酸盐诱导的肌球蛋白表达,但其具体调控途径仍有待阐明。染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)结果显示,位于PERK下游的激活转录因子4 (ATF4) 可结合C/EBPβ基因的启动子。而C/EBPβ又能结合肌球蛋白基因启动子-94~-52区域。棕榈酸盐治疗使C/EBPβ和肌球蛋白升高,当敲低或敲除PERK和ATF4则使因棕榈酸盐升高的C/EBPβ和肌球蛋白表达下调。

此外,敲低或敲除C/EBPβ也可使棕榈酸盐治疗导致的肌球蛋白高表达作用失效。进一步的,若将肌球蛋白启动子被C/EBPβ结合的区域-94~-52敲除,同样使棕榈酸盐治疗失效。

通过上述一系列研究显示,棕榈酸盐调控肌球蛋白表达的过程中,棕榈酸盐激活PERK/ATF4信号通路,进而提高C/EBPβ的表达,C/EBPβ直接结合肌球蛋白基因的启动子并上调其表达。

 

 

转录组揭示低毒大丽轮枝菌株中毒力相关基因表达下调

文章题目:Transcriptome analysis reveals downregulation of virulence-associated genes expression in a low virulence Verticillium dahliae strain

发表期刊:Archives of Microbiology

发表单位:湖北省农业科学院、武汉康测科技有限公司等

影响因子:1.905

转录组测序和全基因组重测序由康测科技(SeqHealth Technology)完成

大丽轮枝菌(Verticillium dahliae)引起许多棉花等农作物的枯萎和早衰。作者研究了两个相近的V. dahliae菌株,发现V991w对棉花的毒力明显低于V991b。

转录组测序显示两菌株之间存在多种差异表达的基因, V991w中大量基因表达下调,参与疏水蛋白、黑色素、膜蛋白的产生,与致病和多种药物抗性有关。

作者还获得了两菌株之间的基因组变异,包括真菌特异性转录因子、真菌Zn2-Cys6双核簇域等转录因子的基因在V991w中富集,这可能与致病性相关基因表达下调有关。

本研究支持了一个结论,在宿主相互作用之前,大丽轮枝菌在体外生长过程中预先表达了一些与致病性有关的毒力因子。