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RIP -SEQ试验基本原理
2019-05-11

​       RIP -SEQ试验基本原理: 

       RNA Immunoprecipitation(RIP)是研讨细胞内RNA与蛋白结合状况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力东西,能更有效地发现miRNA的调理靶点。RIP技术针对方针蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来。之后,经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序、芯片等高通量剖析。 

         将RIP技术结合新一代测序技术,推出了RIP-SEQ服务,将有助于广大科研工作者更高通量地了解癌症以及其它疾病全体水平的RNA变化。 
 

           一、 RIP -SEQ试验基本原理: 

            1. 用抗体或表位符号物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。 

            2. 防止非特异性的RNA的结合。 

            3. 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。 

            4. 结合的RNA序列经过高通量测序(RIP-Seq)方法来判定。 

            

            二、 RIP-SEQ数据剖析服务内容: 

            1. 原始数据的QC、数据预处理 

            2. RIP-seq 剖析 

            1) 将reads比对到基因组:将预处理reads与reference genome进行mapping,最终得到mapping的sam成果文件,给出mapping成果计算。 

            2) peak detect:使用sam文件进行peak富集区查找。 

            3) motif detect:查找结合位点区结构特性,寻觅转录因子结合区域的motif结构。 

            4) 基因相关:使用结合位点区方位,确认其周围所触及的基因。 

            5) 相关基因GO差异剖析:以参考基因组为布景集对结合位点相关基因进行GO富集剖析。

 

 

 

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