引言

ATAC-seq（Assay for transposase-accessible chromatin sequencing）是目前染色质构象研究的主流工具。其原理是，通过Tn5转座酶在细胞核内的染色质DNA上进行随机转座：

1.开放区域的染色质由于DNA暴露，因此可以发生转座；

2.紧缩区域的染色质由于DNA被压缩折叠，转座酶无法接近，因此不能发生转座。

转座成功的DNA被加上测序用接头序列，通过PCR扩增、高通量测序和生物信息学分析，染色质开放区域会产生测序reads，而染色质紧缩区域则无测序reads产生：染色质开放程度越高，其测序信号越强。

物种：黑腹果蝇

组织：睾丸

样本量：10mg左右(常规ATAC需要100mg样本，该样本属于微量样本)

细胞核抽提结果展示

 荧光计数：

提核后用AIPO染色，发现：

1.荧光信号呈现规则圆形；

2.荧光背景干净，说明细胞核纯度较高，杂质较少，更有利于后续实验。

建库结果

 核小体单体条带清晰明显，说明建库成功

测序质控

文库插入片段长度分布：

测序文库插入片段大小的分布可以用来判断ATAC-seq实验的质量。由于Tn5转座酶优先攻击染色质开放区，在实验条件下会得到各个长度梯度的gDNA片段，一般来说，大多数DNA都是核小体自由区片段（Nucleosome-Free Regions fragments，<100 bp）或只包含一个核小体（~200 bp）的短片段，同时也有一些包含多个核小体的长片段，在含量分布上会呈现明显的片段分布特征。上图也可看到特征峰在<100 bp和接近200bp处特征明显，与前期实验结果一致性良好。

Reads在TSS附近的分布

以比对后得到的唯一比对序列为分析对象，分析其在基因TSS附近的深度分布，得到以上区间深度分布结果。由于NFR fragments应该富集在转录起始位点（TSS）附近，所以 ATAC-seq实验成功应在图中 TSS 处有明显的富集峰，富集越明显表示实验效果越好。