UID RNA-seq(UID转录组测序)

 

生物体细胞内存在着多种RNA,以真核生物为例,除了编码蛋白质的mRNA之外,还存在大量非编码的RNA。根据其功能又可以分为house keeping ncRNA(rRNA和tRNA)和Regulatory ncRNA。

UID lncRNA-seq (UID全转录组测序)

 

LncRNA-seq是为lncRNA的鉴定、表达检测发展出来的测序方法。其技术原理,是对RNA中含量最高的rRNA进行剔除,进而通过磁珠筛选去除含量较高的小型RNA如tRNA、snRNA等,然后对剩下的所有RNA进行建库测序。

UID miRNA-seq (UID小RNA测序)

 

miRNA-seq是为检测miRNA的表达情况发展出来的高通量测序方法。miRNA加工过程中的Drosha、Dicer都是RNase III家族核酸酶,因此miRNA的5’为-PO4基团,3‘为-OH基团,可以直接用于连接反应。

UID circRNA-seq (UID环状RNA测序)

circRNA-seq是设计专门用来高通量检测circular RNA的方法。其原理是利用circular RNA环状结构、核酸外切酶无法切割的特征,使用RNase R消化线性RNA,富集circular RNA。

UID Dual RNA-seq (UID互作转录组测序)

 

互作转录组(Dual RNA-seq)就是为了解决此类问题开发出的测序技术。Dual RNA-seq无需分离两物种,同时提取病原体和宿主的RNA,只构建一个转录组文库,便能同时对2个(或多个)物种的基因表达情况进行测序和分析,从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。

UID CAGE-seq (UID加帽端测序)

 

CAGE-seq(Cap Analysis of Gene Expression by deep sequencing)是发展出来专门研究mRNA加帽位点的测序技术。其技术原理,是通过高通量测序的方法,对通过不同手段富集到的mRNA 5'序列进行测序,从而获得mRNA的不同起始位点,以及不同起始位点的使用情况。