研究对象

 

RNA结合蛋白：RNA Bindig Proteins

 

RNA结合蛋白（通常缩写为RBP）是具有结合双链或单链RNA能力的蛋白，真核生物约有500个RNA结合蛋白编码基因。RBP包含各种结构基序，例如RNA识别基序（RRM），dsRNA结合结构域（dsRBD），锌指（Zinc Finger）等。RNA结合蛋白在RNA的转录后调控中起着核心作用，广泛参与RNA剪接，聚腺苷酸化，出核、定位以及翻译的过程，并且是mRNA稳定性的主要调控因素。尽管RBP在转录后调控中起着至关重要的作用，但大多数RBP的调控功能以及调控机制尚未得到系统的研究。

 

 

 

RIP-seq

 

RIP-seq（RNA immunoprecipitation and deep sequencing）是RNA免疫沉淀与高通量测序结合的技术，它通过免疫沉淀目标蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA。将捕获的RNA进行高通量测序，可获得RNA结合蛋白（RBP）在体内与众多RNA靶标的结合模式，并对其结合强度进行精确定量，最终通过分析目的蛋白在体内结合RNA的动态变化，阐述出目的蛋白对基因表达调控的分子机制。

 

根据目的RNA结合蛋白的定位、RNA结合强度的不同，以及由此决定的实验难度和实验目的的不同，武汉康测提供以下三种不同的RIP-seq技术路线，如下图所示：

 

  • Native RIP-seq：常规RIP-seq，在温和的条件下裂解细胞，使用目标RBP特异性抗体富集目标RBP，进而对其结合RNA进行回收，建库、测序并进行生物信息分析，即可以得到该RBP结合的RNA；该技术适合对RNA结合能力较强的RBP进行研究；

 

  • Crosslinking RIP-seq：交联RIP-seq，实验前首先使用甲醛将RBP-RNA、RBP-蛋白的结合固定，然后对细胞进行裂解，使用目标RBP特异性抗体富集目标RBP，最终对其结合RNA进行回收，建库、测序并进行生物信息分析，即可以得到该RBP结合的RNA；由于RBP-RNA的结合被固定，因此实验过程中可以使用强力的裂解、IP条件，因此该技术适合对1）难以裂解的组织中RBP的功能进行研究；2）对抗体特异性不佳的RBP的功能进行研究；3）对目的RBP的蛋白复合物的功能进行研究；

 

  • Nuclear RIP-seq：核RIP-seq，首先对组织、细胞进行裂解，分离细胞核，然后裂解细胞核，使用目标RBP特异性抗体富集目标RBP，进而对其结合RNA进行回收，建库、测序并进行生物信息分析，即可以得到该RBP结合的RNA；该技术由于对细胞核进行了纯化，因此适合对1）目标RBP在细胞核内的功能进行研究；2）复杂组织如脏器，其代谢物干扰IP，无法通过常规RIP-seq进行研究的RBP的功能进行研究；

 

 

 

服务流程

 

您只需要：

  1. 提供目标蛋白和样品信息，我们确定技术路线；
  2. 提供样品和抗体，剩下的我们来做；
  3. 收到实验和分析报告，使用数据；

 

 

 

产品优势

 

我们是专业的Rip-seq技术服务供应商：

  • 严格的质控体系：我们的服务提供三重质检，保证结果的可靠性；
  • 领先的技术：我们有近千次IP锤炼出来的IP体系；
  • 全面的解决方案：Native RIP、Crosslinking RIP、Nuclear RIP，复杂组织也有解决方案；
  • 自动化IP工作站：我们建设了国内唯一的自动化IP工作站，可以在1天时间内完成32个样品的平行IP实验，缩短项目周期、提高结果稳定性；
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实测数据

 

A）IP质检结果（IP-上清：抗体免疫沉淀上清中目的蛋白检测，Input：样品裂解液中目的蛋白检测，IP：抗体富集目的蛋白检测，IgG：IgG富集目的蛋白检测)；            

B）reads在所有基因功能区域的累积分布（上）和每个基因上reads的分布情况（下），红色代表覆盖度深；

 

 

C）Peak在基因各功能区的分布统计；

D）reads在基因上的覆盖情况：在peak区域，IP的reads覆盖度高于input，  （横轴为基因位置，左边纵轴为覆盖度）。

 

 

RIP测序