5hmC DIP-seq

DNA 5hmC修饰

DNA甲基化和羟甲基化是基因表达调控的重要表观遗传修饰。 5-羟甲基胞嘧啶（5-hydroxymethylcytosine，5hmC）由5-甲基胞嘧啶（5mC）被TETs家族双加氧酶转化而来，是一种发生在胞嘧啶上并影响基因表达的DNA修饰形式。最近的研究表明，尽管5hmC的修饰水平比5mC低得多，但5hmC修饰在有表达基因的genebody区域富集，且5hmC水平因细胞和组织类型而异。例如，干细胞和大脑中5hmC的含量很高。 虽然5hmC的确切功能尚未确定，但据推测，它可能是一种去甲基化DNA的一个途径，因为5-羟甲基胞嘧啶被修复为不匹配的DNA，并被未甲基化的胞嘧啶取代。羟甲基化对于胚胎发育、干细胞多能性、基因组印迹、X染色体失活和精子发生的调控至关重要。DNA的羟甲基化异常通常会导致多种疾病，如癌症和男性不育。此外，这些异常的DNA修饰可能通过配子遗传，使这些修饰引起的疾病也可以被遗传给后代。

5hmC DIP-seq

5hmC DIP-seq是基于抗体富集原理进行测序的全基因组甲基化检测技术，采用免疫共沉淀测序技术，通过特异性抗体富集基因组上发生5hmC的DNA片段，再利用高通量测序，可以在全基因组水平上进行高精度5hmC区域研究。利用5hmC DIP-seq技术，可以快速有效地寻找基因组DNA上的5hmC区域，从而比较不同细胞、组织或是疾病样本间的DNA 5hmC修饰模式的差异。

文库构建原理

项目流程图

服务流程

结果展示

A：Reads在基因上的覆盖情况：在peak区域，IP的reads呈现锐利的尖峰；非peak区域的背景很低（横轴为基因位置，左纵轴为覆盖度） B：Peak在基因上下游的分布

C：Peak在基因功能元件的分布

D：Peak的motif分析

技术优势

一站式服务：可完成从DNA提取，IP富集，文库制备，上机测序到数据分析的一站式服务 优化的实验流程：IP的富集效率是决定数据质量的关键，IP实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程，具有极高的效率和特异性 严格的质控：实验的各个关键步骤进行严格的质控，全程监控实验质量，确保客户得到优质的数据 自动化IP工作站：可在1天时间内完成32个样品的平行IP实验，缩短项目周期、提高结果稳定性

人类基因组的组织特异性的5hmC图谱

5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）是调控基因表达的重要表观遗传标记。绘制5hmC在人体组织中的图谱是理解其调节功能的基础。 本研究中，作者系统地分析了19种类型的人类组织的全基因组5hmC景观（图a-d）。发现5hmC优先修饰genebody区域（图e），且在反映基因表达方面优于基因体5mC（图f）。同时作者发现大约三分之一的5hmC峰是组织特异性差异羟甲基化区域（tsDhMRs），这些区域沉积在可能调节附近组织特异性功能基因表达的区域。 此外，tsDhMRs富含组织特异性转录因子，并可能重新连接组织特异性基因表达网络。进一步作者还确定了tsDhMRs与全基因组关联确定的单核苷酸多态性相关，以及与组织特异性表型和疾病有关。 总的来说，该研究结果显示了人类基因组的组织特异性5hmC景观，并证明了5hmC是影响组织特异性基因表达程序和功能的基本调控元件。 参考文献：He, Bo, et al. "Tissue-specific 5-hydroxymethylcytosine landscape of the human genome." Nature communications 12.1 (2021): 4249.