产品简介
全基因组重测序(Genome resequencing)是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。通过序列比对，可以分析不同个体基因组间的结构差异，如寻找单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失位点(InDel，Insertion/Deletion)、结构变异位点(SV，Structure Variation)位点等，在临床医药研究、群体遗传学研究、组间关联分析、进化分析等领域有广泛的应用。
技术流程
建库方法 项目流程
技术优势
- 微量起始DNA建库技术，可实现单细胞基因组重测序
- 严格质控数据，数据偏差小、均一性高，真实反应样本基因组信息
- 单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel）、结构变异（SV）等多种变异同时检测
- 个性化定制，根据不同的研究目的和研究方向制定个性化的分析解决方案
结果展示
变异结果汇总图 GWAS的Manhattan图 
SNP沿参考基因组分布图
案例解析
基因组重测序揭示高风险神经母细胞瘤中多种基因变异
神经母细胞瘤是一种是婴幼儿最常见的交感神经系统恶性肿瘤。约半数患者可通过简单治疗或肿瘤自行消退而康复，但一部分高风险的神经母细胞瘤则较为严重且预后不良。作者对56名神经母细胞瘤患者（高风险39人，低风险17人）进行全基因组测序，发现在染色体5p15.33（TERT端粒酶逆转录基因的临近区域）发生周期性的基因重排，这种基因重排只发生于高风险神经母细胞瘤中，发生率为31%，且与已知的MYCN扩增和ATRX突变相互排斥。进一步研究发现，发生于5p15.33的基因重排导致TERT基因的编码序列与增强子元件并列，引发染色体重构和DNA甲基化大量发生，TERT的沉默状态被终止、端粒酶活性增加、TERT的转录水平明显上调。
大部分高风险神经母细胞瘤都是TERT基因重排、MYCN基因扩增或ATRX基因突变导致的，这三种基因变异都会导致端粒酶活性上调或直接导致端粒长度增加，而低风险的神经母细胞瘤中则无此变化，因此高风险神经母细胞瘤有望通过端粒酶抑制剂进行治疗。
全基因组测序发现：有4个位置出现基因断点，其中3个与MYCN基因扩增、ATRX基因突变、染色体17q拷贝数增加有关，已知这3个基因变异与该肿瘤相关。在12个样本中都出现了位于位于染色体5p15.33的基因断点（上图a）。染色体5p15.33断点引起多种基因结构改变，基因异位分布于5号染色体和3号、7号等多条染色体；还发现5p15.33的基因重排都集中于TERT的转录起始位点上游50kb处（上图b）。
左图：mRNA测序发现，TERT基因重排（黄色）、MYCN基因扩增（红色）、ATRX基因突变（蓝色）、其他高风险肿瘤（灰色）的样本中，TERT的表达量明显高于低风险肿瘤。 右图：在TERT基因重排（黄色）、MYCN基因扩增（红色）的样本中，TERT表达量增加，端粒酶活性也上调。
参考文献
Peifer M, Hertwig F, Roels F, et al. Telomerase activation by genomic rearrangements in high-risk neuroblastoma.[J]. Nature, 2015, 526(7575):700-4.
WGS
