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m7G修饰
m7G修饰最为熟知的形式是存在于真核生物mRNA的5’帽子结 构中,后续研究表明tRNA和rRNA上也存在丰度较高的m7G修饰,此外miRNA也存在m7G修饰。真核生物mRNA帽子结构m7G修饰已经研究众多,而对于mRNA内部修饰(5’UTR/CDS/3’UTR区域)研究相对较少,存在巨大研究 价值。
与m6A修饰类似,对m7G进行研究同样绕不开催化/擦除m7G修饰的甲基化酶(Writers)/去甲基化酶(Erasers),以及各种阅读器蛋白(Readers),目前鉴定到的Writers为METTL1;Eraser还未知;Readers为最新鉴定到的QKI7。
m7G meRIP-seq原理
结果展示
Peak在RNA功能元件分布
Gene track
实测motif
文献报道motif
文章案例
QKI将具有内部m7G修饰的转录本穿梭成应激颗粒并调节mRNA的代谢
- m7G meRIP-seq联合QKI7 RIP-seq证明QIK7结合mRNA内部m7G修饰。说明其潜在reader特性;
- Co-IP证明QKI7可以在应激状态与应激颗粒蛋白G3BP1互作,通过荧光成像证明QKI7在应激条件下可以将具有内部m7G修饰的mRNA穿梭成应力颗粒;
- 敲低QIK7可以显著降低全局mRNA的半衰期,而过表达WT型QKI7可以挽救该表型;这些半衰期降低的mRNA与QKI7结合的mRNA重叠较好,说明QKI7可以在应激条件下增强这些mRNA的稳定性;
- RNA-seq联合Ribo-seq确定QKI7可以使其结合靶标翻译效率降低。
m7G meRIP-seq
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