WES·外显子组测序

产品简介

外显子（exon）是真核生物基因的一部分，它在剪接（Splicing）后仍会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。外显子组序列仅占全基因组序列的1%左右，但大多数疾病相关的基因变异均发生在外显子区域。外显子测序相对于基因组重测序而言，只需针对外显子区域的DNA进行测序，其覆盖度更深、数据准确性更高，也更加简便、经济、高效。特别是对于研究已知基因的SNP、InDel 等，具有较大的优势，在疾病的检测和分析领域具有独特的优势和广泛的应用。

 

技术流程

               建库方法                                                                        项目流程                     

 

技术优势

  1. 基于全外显子探针捕获
  2. 捕获效率高、覆盖度好，确保精确的文库和高质量的数据
  3. 同时检测多种变异：单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel）和结构变异（SV）等
  4. 基本分析+高级分析，为您的项目提供最佳解决方案

 

结果展示

          样品间拷贝数变异分布                                                                                  SNP突变类型频率统计

 

InDel沿参考基因组分布图

 

 

案例解析

 

 外显子组测序确定促结缔组织增生性黑色素瘤中致病基因NFKBIE启动子突变 

促结缔组织增生性黑色素瘤是一种罕见的黑色素瘤。作者对62名促结缔组织增生性黑色素瘤患者进行了基因组、外显子组测序，随后对其中的42个病例的293个基因进行靶向测序。发现该肿瘤中有非常高的基因突变率，（突变率中位数：62突变/Mb）。在这些突变中，14.5%的样本发生了编码NF-κB抑制剂ε（IκBε）的基因NFKBIE的启动子突变。而在普通黑色素瘤中常发的致瘤突变，尤其是BRAF、NRAS突变，却并不发生于促结缔组织增生性黑色素瘤。73%的促结缔组织增生性黑色素瘤样本中发现了激活MAPK和PI3K的信号通路的基因变异，如NF1、CBL、ERBB2、MAP2K1、MAP3K1、BRAF、EGFR、PTPN11、MET、RAC1、SOS2和PIK3CA等，这些突变基因有望成为靶向治疗的靶标。

促结缔组织增生性黑色素瘤是突变率最高的癌症之一，62个肿瘤样本中突变率中位数是62突变/Mb，而普通皮肤黑色素瘤的突变率大约只有15突变/Mb。在促结缔组织增生性黑色素瘤中，88%的突变为C>T的碱基置换，说明紫外线照射是主要的诱变因素。

通过筛选富集样本中多次出现的突变，找到了新的致病突变基因NFKBIE，确定了导致功能缺失的基因突变（如截断突变、错义突变）。

参考文献

Shain A H, Garrido M, Botton T, et al. Exome sequencing of desmoplastic melanoma identifies recurrent NFKBIE promoter mutations and diverse activating mutations in the MAPK pathway[J]. Nature Genetics, 2015, 47(10):1194-9.

 

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