生信小课堂•用云平台绘制GO弦图

生信小课堂•用云平台绘制GO弦图

工具简介

掌握多元的分析可视化方式对于科研工作的帮助无疑是巨大的，可以让结果呈现与众不同、避免单调。信息丰富、视觉冲击力强的图表往往会让审稿老师眼前一亮。

除了上期介绍的网络图可以用于展示GO term与gene之间的关联外，GO弦图也是文献中经常使用到的一种方式。

GO弦图左侧是不同的gene，右侧是GO term（用不同的颜色进行区分），借助色彩绚丽的线条（弦）将gene和关联的GO term连接起来，可以直观、醒目地反映不同GO term中gene的富集情况。此外，GO弦图还能展示gene表达差异（通过logFC值衡量，以不同颜色进行区分）。这种极具美感的可视化方式会给文章增色不少。

图1 文献中的弦图

康测科技GO弦图云工具

1.页面模块化，功能划分简洁

从左往右依次为导航栏、使用指南、数据预览、参数设置和问题解答。

图2 工具初始界面

2.零代码操作，参数自由设置

（1）选择输入文件

1.输入富集分析结果文件，GO富集分析的结果文件，第一行为列名，文件应依次包含GO term，term所属的分类，Go ID, P值， term和Gene的关系等信息。

2.输入差异分析结果文件

图3 输入文件示例

（2）选择通路及基因数目

根据需要，可以自由选择展示通路和基因的数目。

图4 选择通路及基因数目

（3）自由调整图片大小

可根据通路和基因数量，自由选择图片大小。当展示内容较多时可以调大图片，使图片清晰完整。

图5 调整图片大小

康测科技云分析平台试用

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参考文献

1. Xuling Liu,Zuxin Liang,Hongwei Duan,Jianhai Yu,Zhiran Qin,Jingshu Li,Li Zhu,Qinghua Wu,Weiwei Xiao,Chenguang Shen,Chengsong Wan,Kefeng Wu,Hua Ye,Bao Zhang,Wei Zhao. Dengue virus is involved in insulin resistance via the downregulation of IRS-1 by inducing TNF-α secretion[J]. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease, 2022

2. Maryam MahjoubinTehran1 , Stephen L.Atkin2 , Tannaz Jamialahmadi3,4, Matthew Kroh5 ,Ali H. Eid6 , WaelAlmahmeed7 & Amirhossein Sahebkar. The diferential expression of adipose tissue genes in short, medium and longterm periods after bariatric surgery[J]. Scientific Reports, 2024

3. Hu, Xq., Song, H., Li, N. et al. Identification and analysis of miRNAs differentially expressed in male and female Trichosanthes kirilowii maxim[J]. BMC Genomics, 2023