康测云分析平台之火山图

康测云分析平台之火山图

 

为了更好地服务客户，满足多元化分析需求。康测开发出集“云工具”、“云文件”、“云任务”和“云工单”四位一体的高效便捷、交互流畅的云分析平台。目前涵盖基因组学、转录组学、表观遗传学和互作&免疫组学的各类云工具已近100种，并且根据最新科研动态和需求变化，康测云工具一直在持续改进和研发。此外，康测云分析平台支持客户个性化定制。为了帮助客户更高效地使用云工具，康测将逐一对各类云工具作详细的介绍，本次为大家带来的是火山图的操作简介。

 

康测“四位一体”的云分析平台

 

火山图，形状像喷发的火山，本质上是一幅散点图。火山图常用于展现基因表达差异分析的结果，能够直观地反映基因在不同条件下的表达水平差异。更重要的是，从统计显著性（如P value或FDR）和差异倍数（FC）两个维度进行筛选，可以快速高效地鉴定组间有显著表达差异的基因，用于后续的功能验证。火山图是生物学过程中关键基因筛选的“不二法门”，不仅是在转录组学和基因组学，而且在蛋白质组学和代谢组学中也有着广泛应用。

 

火山图

 

在熟悉火山图的用途后，我们该如何使用康测云分析平台绘制火山图呢？首先，请输入网址http://www.seqcloud.cc:8888，填写用户信息进行登录。首次使用康测云分析平台的客户可以联系地区经理获取登录信息。用户名为客户手机号，初始密码为123456。

 

康测云分析平台登录界面

 

进入首页，点击页面上方“云工具”选项。随后，选择“火山图”。

 

                         进行火山图绘制的路径

左侧的“使用指南”页面对火山图的主要用途、使用方法、参数设置和结果解读做了详细说明。而在右侧的“参数设置”页面可进行文件输入和参数调节。

 

火山图操作页面

绘制火山图离不开“参数设置”：

1）任务ID由康测云分析平台自动生成，无需填写。如果分析需要耗费较长时间，系统会第一时间给出提示。客户可以在“云任务”中实时追踪任务状态。康测云分析平台支持一批数据多工具调用，节省客户科研时间。此外，客户可以在“云工单”中随时提交修改建议。

 

2） 用于绘制火山图的数据表，必须包含GeneID、P Value和logFC，允许包含其它信息。如需练习，可以点击“示例文件”调用数据。若为项目，请点击“搜索图标”进入“文件管理”，随后点击“上传文件”。上传成功的文件可以在data文件夹中进行查找，接着选择用于绘制火山图的数据表，点击“确定”，就可以在左侧页面进行数据预览。需要特别注意的是输入文件应为制表符（Tab键）分隔的文本文件。若发现文件显示乱码，可以点击“使用指南”中的“表格格式转换”工具进行转换。

 

 

文件输入

 

3）基因ID、P值和Log2FC所在的列名请根据数据表中实际名称对应勾选。

 

 

数据列勾选

 

4）P值阈值可点击“+”或“-”进行调节，通常设定为0.05或0.01。由于火山图纵坐标取-log10（P Value），当P值越小时，-log10（P Value）越大，统计结果则越显著。因而，当P值阈值设定越小，差异基因的筛选就越严格，鉴定到的差异基因数量可能就越少。

 

5）Log2FC阈值可点击“+”或“-”进行调节，需要注意的是这里的Log2FC阈值指的是|log2FC|，而所谓的FC（fold change）指的是某一基因在处理组和对照组之间表达量的差异倍数。Log2FC阈值通常设定为1，即|log2FC|＞1，|FC|＞2。|log2FC|越大表明基因在不同组间表达变化的幅度越大。由于火山图横坐标取log2(fold change)，结果就存在“正”和“负”。其中，“正”代表基因表达上调，“负”则表示基因表达下调。当Log2FC阈值越大，差异基因的筛选就越严格，鉴定到的差异基因数量可能就越少。

 

6） 火山图上每一个点代表一个基因。将同时满足P值和Log2FC阈值筛选的基因标注为差异表达基因。其中，上调差异表达基因的颜色默认为红色，下调差异表达基因的颜色默认为蓝色，而其它基因则用灰色表示。火山图上点的大小默认为1。点的颜色和大小均可调节。

 

7） 基因标签可以选择“不展示”、“展示TOP基因”和“自定义展示基因名”。

A. 如果选择“不展示”，则火山图上不呈现点对应的GeneID。

 

B. 如果选择“展示TOP基因”，则需要选择是按照logFC，还是P值进行排序筛选，需要说明的是最多展示20个TOP基因。标签字体大小、展示TOP基因数量和颜色可调节。

 

     

C.  如果选择“自定义展示基因名”，需要确保要展示的GeneID与输入文件中的GeneID保持一致，用英文逗号分隔。

 

8）图片标题请输入英文名称。X轴和Y轴标题由康测云分析平台生成，无需填写。

9）当上面参数设置完成后，一键点击“运行”，就可以生成火山图了。快去康测云分析平台体验一番吧~

 

关于康测

康测致力于先进组学技术的开发和在生物医学研究领域的应用，建立了涵盖基因组学、表观基因组学、转录组学、表观转录组学、免疫组学和互作组学的全面组学服务体系。而在医学检测方面，康测基于自主研发的SMP（Stranded Multiplex PCR）靶向测序技术，构建了检测灵敏度和特异性均为100%的MRD一站式自动化解决方案。

康测提供全面的基因表达调控研究工具

 

康测提供高度自动化MRD一站式解决方案