生信小课堂•用云平台进行TF注释

 
01 工具简介
 
转录因子(TFs)注释是指根据基因组或转录组数据,标记并识别在调控基因表达的过程中发挥作用的转录因子,有助于深入理解基因表达的调控机制,揭示基因在不同生物学条件下的功能。
 
图1 AnimalTFDB和PlantTFDB的TF注释流程
 
02 康测科技TF注释云工具
 
1. 页面模块化,功能划分简洁
 
从左往右依次为导航栏、使用指南、数据预览、参数设置和问题解答。
 
图2 工具初始界面
 
2. 零代码操作,参数自由设置
 
(1)自由选择输入序列
 
云工具支持输入氨基酸序列或CDS序列,根据输入文件点击即可。
 
图3 设置输入类型序列
 
(2)自由选择物种
 
根据输入序列的物种信息可点击工具界面的数据库与物种栏进行选择,云工具支持动物与植物的TF注释,对应物种的信息下拉列表即可查看。
 
图4 自由设置物种
 
(3)自由设置阈值
 
云工具支持设置阈值(e-Value),根据需求可自由设置。
 
图5 自由设置阈值
 
03 康测科技云分析平台试用
 
康测科技云分析平台整合超过100种组学分析工具,配备详细、精炼的讲解视频和工具文档,全程零代码、自主参数设置。如果您有使用需求,可私信小编,小编将给您发送试用账号~
 
链接:http://www.seqcloud.cc:8888
 
04 参考文献
 
1. Jinpu Jin, Feng Tian, De-Chang Yang, et al. PlantTFDB 4.0: toward a central hub for transcription factors and regulatory interactions in plants[J]. Nucleic Acids Res, 2017
 
2. Wen-Kang Shen, Si-Yi Chen, Zi-Quan Gan, et al. AnimalTFDB 4.0: a comprehensive animal transcription factor database updated with variation and expression annotations[J]. Nucleic Acids Res, 2023
 

热门工具推荐

 
 
差异基因太多,后续深入研究如何挑选之GO富集分析篇
 
差异基因太多,除了GO富集分析,还能这样挑选关键靶标?
 
对基因集进行差异分析?除了用MSigDB搞GSEA,文献中还这样做......
 
 

更多平台

 

bilibili

(长干货科普)

 

视频号

(产品知识分享)

 

小红书

(短干货科普)

 
 
 
点个“在看”再走(右下角)
 

 

关于康测

 

康测致力于先进组学技术的开发和在生物医学研究领域的应用,建立了涵盖基因组学、表观基因组学、转录组学、表观转录组学、免疫组学和互作组学的全面组学服务体系。而在医学检测方面,康测基于自主研发的SMP(Stranded Multiplex PCR)靶向测序技术,可提供检测灵敏度和特异性均为100%的MRD一站式自动化解决方案。
康测提供全面的基因表达调控研究工具
康测提供高度自动化MRD一站式解决方案

 

创建时间:2025-01-09