转录因子(TFs)注释是指根据基因组或转录组数据,标记并识别在调控基因表达的过程中发挥作用的转录因子,有助于深入理解基因表达的调控机制,揭示基因在不同生物学条件下的功能。
图1 AnimalTFDB和PlantTFDB的TF注释流程
从左往右依次为导航栏、使用指南、数据预览、参数设置和问题解答。
云工具支持输入氨基酸序列或CDS序列,根据输入文件点击即可。
根据输入序列的物种信息可点击工具界面的数据库与物种栏进行选择,云工具支持动物与植物的TF注释,对应物种的信息下拉列表即可查看。
云工具支持设置阈值(e-Value),根据需求可自由设置。
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2. Wen-Kang Shen, Si-Yi Chen, Zi-Quan Gan, et al. AnimalTFDB 4.0: a comprehensive animal transcription factor database updated with variation and expression annotations[J]. Nucleic Acids Res, 2023
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