IF＞10的文章约占1/3!成功发表在Immunity、Gut、NC...康测科技2024年高分互作组学文章盘点
互作组学，包括蛋白质-DNA、蛋白质-RNA、蛋白质-蛋白质等相互作用，对于生物学过程中分子互作网络、信号传导通路以及基因表达调控机制的解析十分重要。目前，对于蛋白质-DNA互作研究（转录因子最知名），首先会想到的可能是ChIP-seq、CUT&Tag、DAP-seq等技术；对于蛋白质-RNA互作研究，RIP-seq、CLIP-seq和LACE-seq是文献中应用较多的技术；而对于蛋白质-蛋白质互作研究，则常采用Co-IP、IP-MS等技术；上述互作组学技术康测科技均能提供，并依赖丰富的项目经验、领先的技术优势、严格的实验质控、高效的分析服务等，广受客户欢迎和好评。
2024年康测科技互作组学项目文章发表在Immunity、Drug Resistance Updates、Gut、Nature Communications、Advanced Science、Science Advances、Genome Biology等知名期刊上。互作组学项目文章约1/3的影响因子在10以上！
（一）
转染FTO或空载的THLE-2冻存细胞用于FTO CLIP-seq，实验过程十分顺利，一次成功。分析上进行了peak calling和motif分析调整，提供了IGV展示的FTO在FTO和Vector组中Acsl4和Tfrc mRNA上的结合情况（结合位点和丰度变化），并与meRIP-seq结果完美的相互印证。
【题目】FTO deficiency in older livers exacerbates ferroptosis during ischaemia/reperfusion injury by upregulating ACSL4 and TFRC
【发表期刊】Nature Communications
【发表时间】2024年6月4日
【IF】16.6
【发表单位】中山大学附属第三医院
【康测科技提供技术】CLIP-seq
老年肝脏更容易发生肝脏缺血/再灌注损伤（HIRI），这限制了其在肝移植中的应用。而HIRI潜在的分子机制尚未明确。本研究揭示了FTO介导的m6A修饰调节在缓解老年肝脏HIRI中的关键作用。研究表明，老年肝脏HIRI中，FTO表达下调，抑制了FTO结合Acsl4和Tfrc mRNA并降低其上m6A修饰水平的功能，导致Acsl4和Tfrc表达上调，最终加剧铁死亡。而NMN治疗可以增强FTO去甲基化酶活性，从而抑制铁死亡，并显著缓解老年肝脏HIRI。
康测科技为本研究提供CLIP-seq技术服务，单碱基分辨率的CLIP-seq精准定位FTO结合Acsl4和Tfrc mRNA的位点，并与meRIP-seq、meRIP-qPCR结果相互印证。
（二）
小鼠睾丸组织进行Cep112 RIP-seq，并采用UMI进行去重纠错。分析上，调整并绘制了目标基因的gene plot和motif logo图，达到客户满意的效果。
【题目】 CEP112 coordinates translational regulation of essential fertility genes during spermiogenesis through phase separation in humans and mice
【发表期刊】Nature Communications
【发表时间】2024年9月30日
【IF】14.7
【发表单位】四川大学华西第二医院&中信湘雅生殖与遗传专科医院
【康测科技提供技术】UMI RIP-seq
精子发生是一个高度复杂的生物学过程，涉及精原细胞的增殖分化、减数分裂和精子细胞变形等。转录后调控对于精子发生中关键基因的表达调节十分重要。中心体蛋白（CEPs）是精子发生和男性生育能力的重要调节因子。已知CEP112与男性不育相关，但其具体功能仍未完全探知。本研究揭示了CEP112在精子发生中的功能，强调了相分离在翻译调控中的作用，并为男性不育提供了新的见解以及潜在的治疗靶点。研究发现少弱畸精子症患者中CEP112的双等位基因变异，而缺乏Cep112的雄性小鼠表现出精子数量减少、活力下降和形态异常等不育表型。CEP112定位于成熟精子的颈部和非典型中心粒，在精子发生过程中形成 RNA 颗粒，富集Fsip2、Cfap61和Cfap74等目标mRNA，并调控这些mRNA的翻译。此外，CEP112 可以与翻译相关蛋白hnRNPA2B1、EEF1A1和EIF4A1相互作用。研究表明CEP112 通过液-液相分离介导 RNA 颗粒的组装，从而控制生育相关基因的转录后表达。
康测科技为本研究提供UMI RIP-seq技术服务，鉴定CEP112结合的RNA分子（如Cfap61、Cfap74和Fsip2 mRNA），进而阐明CEP112在精子发生中的调控机制。
（三）
项目经过了多次售后调整，如调整peak calling参数以及重新绘制TSS分布热图、更改gene plot中样本选取、样本放置进行重新绘图、绘制peak center分布热图等。经过不同的沟通和调整，最后成功交付结果。
【题目】KLF12 interacts with TRIM27 to affect cisplatin resistance and cancer metastasis in esophageal squamous cell carcinoma by regulating L1CAM expression
【发表期刊】Drug Resistance Updates
【发表时间】2024年5月27日
【IF】24.3
【发表单位】中国医学科学院肿瘤医院
【康测科技提供技术】ChIP-seq测序分析
食管鳞状细胞癌（ESCC）是世界范围内常见、死亡率极高的食道癌类型。目前，主要使用铂类化疗药物对ESCC患者进行治疗。但由于化疗耐药，导致治疗失效和肿瘤转移时常发生。ESCC顺铂耐药的分子机制尚未明确。本研究揭示了TRIM27/KLF12-L1CAM调控ESCC顺铂耐药和肿瘤转移的分子机制，为ESCC治疗提供新的潜在靶点。研究发现，KLF12下调促进ESCC中顺铂耐药和癌症转移。机制显示，KLF12通过与L1CAM的启动子结合来抑制其转录。L1CAM的耗竭消除了KLF12缺失导致的顺铂耐药和癌症转移。此外，TRIM27可以与KLF12结合，并介导KLF12 K326位点泛素化。TRIM27耗竭会增强KLF12的转录活性，进而抑制L1CAM的表达，最终影响ESCC中顺铂耐药和癌症转移。
康测科技为本研究提供ChIP-seq测序分析服务。之前的RNA-seq和验证实验表明KLF12显著抑制L1CAM表达。基于KLF12可能作为转录因子，进一步通过ChIP-seq验证KLF12是否结合L1CAM以及鉴定基因组上的结合位点。
（四）
来自P10小鼠睾丸的生精细胞用于RIP-seq，来自P10对照和Mettl16 cKO小鼠睾丸的RNA用于m6A meRIP-seq。分析上，诸如METTL16结合Peak的分布、METTL16结合motif、m6A修饰Peak的分布等诸多康测科技提供的分析结果图在正文中均有展示。
【题目】 N6-methyladenosine writer METTL16-mediated alternative splicing and translation control are essential for murine spermatogenesis
【发表期刊】Genome Biology
【发表时间】2024年7月19日
【IF】10.1
【发表单位】华中科技大学同济医学院生殖健康研究所&北京大学深圳医院
【康测科技提供技术】UMI RIP-seq和UMI m6A meRIP-seq
精子发生过程中有丝分裂到减数分裂的转换需要相关基因的表达动态变化。然而，在这过渡期间减数分裂转录和转录后机制的调节仍不清楚。本研究揭示了m6A writer METTL16介导的可变剪接和翻译效率调节在精子发生过程中的关键作用。研究发现METTL16在小鼠生精细胞中高度表达，是调控精原细胞分化和减数分裂起始的关键因子，METTL16缺失会导致生精细胞严重丢失进而引发雄性不育，本研究对理解由减数分裂异常导致的男性生育障碍具有重要意义。
康测科技为本研究提供UMI RIP-seq和UMI m6A meRIP-seq技术服务。UMI RIP-seq精准鉴定METTL16直接结合的mRNA，而UMI m6A meRIP-seq揭示METTL16缺乏时转录本上m6A修饰水平变化。对于RNA修饰酶研究，联合RIP-seq和meRIP-seq/acRIP-seq是常用策略。
（五）
1 × 107 足细胞用于hnRNPU ChIP-seq，实验过程十分顺利。分析上，富集分析、目标基因的gene plot和motif等诸多康测科技提供的分析结果图在正文中均有展示。
【题目】 LncRNA evf-2 Exacerbates Podocyte Injury in Diabetic Nephropathy by Inducing Cell Cycle Re-entry and Inflammation Through Distinct Mechanisms Triggered by hnRNPU
【发表期刊】Advanced Science
【发表时间】2024年10月29日
【IF】14.3
【发表单位】郑州大学第一附属医院
【康测科技提供技术】ChIP-seq
蛋白尿是糖尿病肾病（DN）的标志。足细胞损伤是导致DN蛋白尿的重要原因。目前，开发针对足细胞功能的创新治疗策略仍十分迫切，尤其是解决DN中细胞周期失调和炎症问题。
LncRNA可以与DNA、RNA和蛋白质相互作用，通过不同机制（包括表观遗传、转录和转录后调控）调节相关基因表达，从而影响DN的发病和进展。LncRNA evf-2（人Gene ID: 285987, 小鼠Gene ID: 320 038）在DN患者尿液和肾组织中表达上调，但evf-2在DN中的作用未知。
本研究揭示了lncRNA evf-2调控DN中足细胞损伤的作用机制。研究发现DN中lncRNA evf-2表达上调，并与足细胞损伤、炎症以及细胞周期再进入相关。机制显示DN中lncRNA evf-2结合hnRNPU，并可能触发不同机制（转录激活、可变剪接、RNA稳定性以及翻译调节），进而调节细胞周期相关基因和炎症因子的表达，最终诱导DN中足细胞损伤、炎症和细胞周期再进入。
康测科技为本研究提供ChIP-seq技术服务，鉴定hnRNPU结合的下游靶基因和结合位点。
参考文献
1. Chaojie Zhang, Hui Zhao, Yufan Yan, et al. LncRNA evf-2 Exacerbates Podocyte Injury in Diabetic Nephropathy by Inducing Cell Cycle Re-entry and Inflammation Through Distinct Mechanisms Triggered by hnRNPU[J]. Advanced Science, 2024
2. Hao Zhang, Yujia Zheng, Zhen Wang, et al. KLF12 Interacts with TRIM27 to affect Cisplatin Resistance and Cancer Metastasis in Esophageal Squamous Cell Carcinoma by regulating L1CAM Expression[J]. Drug Resistance Updates, 2024
3. Qian Ma, Yiqian Gui, Xixiang Ma, et al. N6-methyladenosine writer METTL16-mediated alternative splicing and translation control are essential for murine spermatogenesis[J]. Genome Biology, 2024
4. Rong Li, Xijing Yan, Cuicui Xiao, et al. FTO deficiency in older livers exacerbates ferroptosis during ischaemia/reperfusion injury by upregulating ACSL4 and TFRC[J]. Nature Communications, 2024
5. Xueguang Zhang, Gelin Huang, Ting Jiang, et al. CEP112 coordinates translational regulation of essential fertility genes during spermiogenesis through phase separation in humans and mice[J]. Nature Communications, 2024
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康测致力于先进组学技术的开发和在生物医学研究领域的应用，建立了涵盖基因组学、表观基因组学、转录组学、表观转录组学、免疫组学和互作组学的全面组学服务体系。而在医学检测方面，康测基于自主研发的SMP（Stranded Multiplex PCR）靶向测序技术，可提供检测灵敏度和特异性均为100%的MRD一站式自动化解决方案。
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