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CLIP-Seq(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高 通量测序, 通过高通量研究RNA结合蛋白(RNA Binding protein,RBP)在体内与众多 RNA 靶标的结合模式,并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示 RNA分子与RBP相互作用的革命性技术。也被应用到 miRNA 靶标鉴定、lncRNA生物学功能研究等工作中。
CLIP-seq 的应用范围:
(1)绘制全基因组范围的RNA和RBP相互作用图谱,解析“Argonaute(Ago)—miRNA—mRNA”三者的相互作用;
(2)RBP与miRNA、lncRNA等非编码RNA的作用网络与功能的发现;
(3)与 RIP-seq 相比,CLIP-seq可以鉴定RBP和RNA之间的直接相互作用,确定 RBP 与miRNA、lncRNA 等非编码 RNA 的精确结合位点。
建库方法 | 项目流程 |
- 团队实力:核心团队由来自加州大学圣地亚哥分校(UCSD)、武汉大学、华中农业大学的博士后组建,成员已在Nature、Cell、Molecular Cell、Nat. Struct. Mol. Biol.、Proc Natl Acad Sci USA等国际顶级期刊发表文章十余篇,包括运用CLIP-seq发表的文章:Jiang L, Shao C, Wu Q J, et al. NEAT1 scaffolds RNA-binding proteins and the Microprocessor to globally enhance pri-miRNA processing.[J]. Nature Structural & Molecular Biology, 2017, 24(10):816.( IF:12.595)康测科技团队成员吴启家是文章的共同第一作者,参与了实验方案的设计和实施操作。
- 项目经验:公司已完成50余物种、1000多项ChIP-seq、RIP-seq、CLIP-seq实验及测序分析服务,包括动物(人、小鼠、大鼠、人、羊、牛、鸡、猪、鱼等)、植物(拟南芥、水稻、棉花、小麦、土豆、番茄、苹果、葡萄、白菜、苜蓿二穗短柄草等)、微生物(大肠杆菌、禾谷镰刀菌、弧菌等)以及复杂组织(如土豆块茎、脂肪细胞)。
- 高成功率:组蛋白ChIP-seq成功率接近100%,转录因子ChIP-seq成功率超过95%,RIP-seq、CLIP-seq成功率接近95%。
- 严格质检:对IP抗体进行严格的质检和效价评估,对实验体系耐心优化,并提供详细的质检报告,可供文章发表使用。
- 数据分析:自主开发的分析流程,特有的Peak calling技术,可提供个性化、多组学关联分析,帮助解析目的蛋白调控机制。
Peak 在 RNA 上的分布
Peak 相关基因的 KEGG 通路富集分析
Peak 的 motif 分析
CLIP-seq 确定旁斑参与 pri-miRNA 加工成熟
旁斑是细胞核内的一种独立的核糖核蛋白小体,NONO、PSPC1、PSF 和 lncRNA——NEAT1,共同形 成旁斑结构。作者发现旁斑广泛参与 pri-mi-RNA 的加工,敲除其组成蛋白导致大部分 miRNA 表达下调。 在研究旁斑参与 miRNA 加工的机制中,作者首先使用了 CLIP 测序分别鉴定 NONO 和 PSF 直接结合的靶标 RNA。单独使用 NONO 抗体亦或 PSF 抗体都能将两个蛋白形成的异二聚体沉淀下来。CLIP 测序结 果显示:在 Hela 细胞中表达的 pri-miRNA 中,约 2/3 都被 NONO–PSF 结合,且 NONO 和 PSF 的结合峰 分布非常吻合,在产生 6 种成熟 miRNA 的 pri-miRNA 序列位置的结合峰尤其明显,说明 NONO-PSF 形成二聚体共同参与 pri-miRNA 的加工成熟。
CLIP测序
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