对基因集进行差异分析?除了用MSigDB搞GSEA,文献中还这样做......
对基因集进行差异分析?除了用MSigDB搞GSEA,文献中还这样做......
GO/KEGG富集分析前,常会对基因进行差异分析,获得DEG。然而,你可曾听过这样一种分析,可以直接对基因集进行差异分析?
说到基因集,可能大家最先想到的是GSEA。前期,我们提过:针对表达差异不显著但具有重要生物学意义的基因,可以通过GSEA分析其所在功能相关的基因集与生物学状态(表型)的相关性,来阐明机制。需要注意的是,GSEA依赖于表型(分组)信息。对于表型(分组)复杂的大样本量研究以及不设比较组的多个、独立样本研究而言具有局限性。本期,我们介绍一种文献中常用、不依赖表型(分组)而对基因集进行分析的方法——GSVA。
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基因集变异分析(Gene Set Variation Analysis,GSVA),是一种非参数、无监督的分析方法。通过将不同样品之间基因的表达量矩阵转化为基因集的表达量矩阵,从而评估基因集在不同样品之间的富集情况。并且,GSVA能对富集分析后的基因集进行差异分析,使分析结果更具解释性。
此外,GSVA与GSEA有许多相似之处。比如,都是对基因集而非单个基因进行分析、都需要提供基因表达矩阵、都可以使用MSigDB中基因集或自定义基因集。因而,MSigDB并非GSEA专属数据库,也能用作GSVA!
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图4 康测GSVA结果展示
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参考文献
1、Hanyue Ouyang, Shuang Wu, Wangji Li, et al. p120 RasGAP and ZO-2 are essential for Hippo signaling and tumor-suppressor function mediated by p190A RhoGAP[J]. Cell Reports, 2023
2、Jinjia Zhang, Junhong Li, Yongqiang Hou, et al. Osr2 functions as a biomechanical checkpoint to aggravate CD8+ T cell exhaustion in tumor[J]. Cell, 2024
3、Ryan Blawski, Bujamin H. Vokshi, Xinyu Guo, et al. Methylation of the chromatin modifier KMT2D by SMYD2 contributes to therapeutic response in hormone-dependent breast cancer[J]. Cell Reports, 2024
4、Sheng Chen, Wenyu Cui, Zhexu Chi, et al. Tumor-associated macrophages are shaped by intratumoral high potassium via Kir2.1[J]. Cell Metabolism, 2022
5、Sijin Cheng, Ziyi Li, Ranran Gao, et al. A pan-cancer single-cell transcriptional atlas of tumor infiltrating myeloid cells[J]. Cell, 2021
6、Sonja Hanzelmann, Robert Castelo, Justin Guinney. GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-Seq data[J]. BMC Bioinformatics, 2013
7、Yaguang Bi, Shuolin Liu, Xing Qin, et al. FUNDC1 interacts with GPx4 to govern hepatic ferroptosis and fibrotic injury through a mitophagy-dependent manner[J]. Journal of Advanced Research, 2023