对基因集进行差异分析？除了用MSigDB搞GSEA，文献中还这样做......
对基因集进行差异分析？除了用MSigDB搞GSEA，文献中还这样做......
GO/KEGG富集分析前，常会对基因进行差异分析，获得DEG。然而，你可曾听过这样一种分析，可以直接对基因集进行差异分析？
说到基因集，可能大家最先想到的是GSEA。前期，我们提过：针对表达差异不显著但具有重要生物学意义的基因，可以通过GSEA分析其所在功能相关的基因集与生物学状态（表型）的相关性，来阐明机制。需要注意的是，GSEA依赖于表型（分组）信息。对于表型（分组）复杂的大样本量研究以及不设比较组的多个、独立样本研究而言具有局限性。本期，我们介绍一种文献中常用、不依赖表型（分组）而对基因集进行分析的方法——GSVA。
基因集变异分析（Gene Set Variation Analysis，GSVA），是一种非参数、无监督的分析方法。通过将不同样品之间基因的表达量矩阵转化为基因集的表达量矩阵，从而评估基因集在不同样品之间的富集情况。并且，GSVA能对富集分析后的基因集进行差异分析，使分析结果更具解释性。
此外，GSVA与GSEA有许多相似之处。比如，都是对基因集而非单个基因进行分析、都需要提供基因表达矩阵、都可以使用MSigDB中基因集或自定义基因集。因而，MSigDB并非GSEA专属数据库，也能用作GSVA！
我们可以从知乎、B站等渠道获取GSVA学习资料，但通常还需额外下载软件或学习代码。“担心基础”或“想快速入手”的同学们还可以尝试使用康测科技云分析平台，零代码实现轻松上手。
康测GSVA云工具支持多种GeneID来源（Ensembl、GeneSymbol、EntrezID（NCBI）），支持多个物种（不止人和小鼠），并提供文献中常用的可视化方式：箱型图和热图，更能进行差异分析（P值、logFC阈值可调）。
图4 康测GSVA结果展示
康测科技云分析平台试用
康测科技云分析平台整合超过100种组学分析工具，配备详细、精炼的讲解视频和工具文档，全程零代码、自主参数设置。如果您有GSVA使用需求，可私信小编，小编将给您发送试用账号~
链接：http://www.seqcloud.cc:8888
参考文献
1、Hanyue Ouyang, Shuang Wu, Wangji Li, et al. p120 RasGAP and ZO-2 are essential for Hippo signaling and tumor-suppressor function mediated by p190A RhoGAP[J]. Cell Reports, 2023
2、Jinjia Zhang, Junhong Li, Yongqiang Hou, et al. Osr2 functions as a biomechanical checkpoint to aggravate CD8+ T cell exhaustion in tumor[J]. Cell, 2024
3、Ryan Blawski, Bujamin H. Vokshi, Xinyu Guo, et al. Methylation of the chromatin modifier KMT2D by SMYD2 contributes to therapeutic response in hormone-dependent breast cancer[J]. Cell Reports, 2024
4、Sheng Chen, Wenyu Cui, Zhexu Chi, et al. Tumor-associated macrophages are shaped by intratumoral high potassium via Kir2.1[J]. Cell Metabolism, 2022
5、Sijin Cheng, Ziyi Li, Ranran Gao, et al. A pan-cancer single-cell transcriptional atlas of tumor infiltrating myeloid cells[J]. Cell, 2021
6、Sonja Hanzelmann, Robert Castelo, Justin Guinney. GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-Seq data[J]. BMC Bioinformatics, 2013
7、Yaguang Bi, Shuolin Liu, Xing Qin, et al. FUNDC1 interacts with GPx4 to govern hepatic ferroptosis and fibrotic injury through a mitophagy-dependent manner[J]. Journal of Advanced Research, 2023
