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表观遗传调控,包括染色体结构、染色质可及性、组蛋白修饰,以及DNA修饰等,是最重要的基因表达调控方式之一。表观遗传组学就是通过特定分子生物学技术和高通量测序结合,对上述表观遗传修饰的分布、在生物学过程中的变化等进行研究的组学技术。
常见的研究工具包括:
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RNA修饰目前已经发现100多种,大部分发生在rRNA和tRNA上。近期研究发现多种修饰发生在mRNA和lncRNA上,全面参与RNA的结构、转运、稳定性和 mRNA 剪接等过程,是基因表达转录后调控的重要方式之一。
大部分修饰缺乏研究工具,由于化学转化和抗体技术的发展,目前有多种修饰有了测序研究工具:
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转录组学>
转录组学是通过特定分子生物学技术富集组织/细胞内不同类型的RNA分子,结合高通量测序技术,对不同类型RNA的表达,以及在生物学过程中的变化进行研究的组学技术。
根据研究的RNA对象的不同,转录组学包含以下测序产品:
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免疫组学>
免疫组库是指体内B细胞和T细胞受体的总和。在感染、疾病发生或生理状态发生变化时,体内抗原/配体的种类、数量发生变化,会导致T/B细胞受体的种类、数量发生相应变化。
因此对T/B细胞免疫组库的研究,有助于增强我们感染、疾病等生物学过程中免疫细胞应答机制的研究。
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Digital RNA
优势:
1)去重:去除PCR和测序重复,还原最真实的样本中重复
2)纠错:纠正PCR扩增和测序带来的碱基错误
3)基于上述两点,对于低起始量样品,可适量增加循环数,提高建库、上机测序成功率。同时避免PCR偏好带来的干扰
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T/BCR-seq
康测开发出“绝对定量TCR/BCR-seq”测序技术,其原理为在扩增偏好性更低的5' RACE技术基础上,引入我公司UMI/UID数字标签纠错技术,以解决建库测序过程中PCR重复引入的定量准确性问题和PCR/测序扩增引入的假阳性TCR问题。其原理如图所示:
该技术具备以下优势
• 完整TCR/BCR检测:该技术使用5’RACE技术原理,可以获得TCR/BCR的完整序列,全面研究CDR1/2对抗原的亲和力影响;
• PCR偏好性低:该技术使用5’RACE技术原理,相较于多重PCR具有更低的偏好性;
• 定量准确:通过引入UMI数字标签,进一步去除PCR扩增重复和测序重复、彻底排除重复引入的定量问题,准确还原TCR/BCR克隆的丰度;
• 无假阳性:通过引入UMI数字标签,多序列比对校正PCR和测序错误,去除假阳性TCR/BCR;
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DSN-seq
康测科技开发的DSN RNA seq解决了传统rRNA剔除RNA seq的物种依赖性的局限性。其原理是通过对双链cDNA的变性和重新退火,再使用DSN酶特异性消化双链DNA。在这一过程中,由于rRNA的丰度较高,优先退火形成双链cDNA,而被DSN酶消解去除。
DSN RNA seq在互作RNA seq,尤其是多物种互作转录组中表现出优异的性能。它可以一次性、并行去除原核和真核生物的所有rRNA,从而使得所有类型的宿主-病原体dual RNA-seq研究成为可能。
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核酸自动化平台
目前康测科技还配备了RNA提取、建库、pooling全流程自动化工作站,单次可以制备96个高均一性RNA seq文库,提高效率的同时,可最大限度的保持实验的一致性和稳定性,消除批次效应和交叉污染,保障了项目的质量和真实性。
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免疫沉淀自动化体系优势介绍
免疫沉淀自动化体系主要针对于实验中的孵育,多次洗涤,产物洗脱等过程全程采用自动化仪器执行。基于自动化的磁吸装置,以转移磁珠替代传统人工转移反应液的方式,避免操作差异对的IP效率的干扰。
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参与调控棉花纤维伸长的油菜素内脂转录调控网
本研究中,作者联合DAP-seq、RNA-seq和GWAS的数据,筛选出与陆地棉纤维伸长相关的GhBES1.4靶基因,并构建了GhBES1.4调控纤维发育的转录调控网络。
넶313 2023-07-27
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新冠肺炎患者TCR和BCR二代测序揭示与疾病严重程度相关特征
本研究作者利用TCR/BCR测序技术,结合抗体诊断、细胞因子分析和流式细胞术,分析了新冠肺炎感染期或康复后患者的适应性免疫特征,并创建了一个超过1400万个B和T细胞受体(BCR和TCR)序列的存储库。这些数据提供了对SARS-CoV-2适应性免疫的基础性了解,为治疗理念和疫苗开发提供了资源。同时也为其它类似疾病的研究提供了很好的基础支撑。
넶881 2023-08-17
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Nat Cell Biol:糖尿病疗法新靶点!
HNF1A homeobox A (HNF1A)编码同源域转录因子,其单倍体剂量不足突变会诱发糖尿病。本研究通过小鼠和人类模型实验,发现HNF1A的反义lncRNA启动子--HASTER可以顺式调节HNF1A的转录,并通过正负反馈回路维持HNF1A的细胞特异性生理浓度。HASTER突变的小鼠胰腺β细胞表现出HNF1A沉默或过表达,从而导致高血糖。该研究揭示了一种不同于经典增强子或沉默子的顺式调节元件,它能稳定靶基因的转录,并能保证细胞特异性转录因子程序的准确性。这一发现有助于开发新型糖尿病治疗策略,对我们理解疾病中的非编码基因组缺陷也具有普遍意义。
넶214 2023-08-17
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