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MRD检测有固定Panel ctDNA检测和组织先验 + 定制Panel ctDNA检测两种技术路线。而组织先验 + 定制Panel ctDNA检测,根据先验对象的不同和定制Panel检测方法的不同,又存在3种不同的技术路线:
► 无组织先验、固定Panel 靶向捕获 ctDNA检测;
► 组织Panel先验 + 定制Panel 靶向捕获 ctDNA检测:
► 组织WES先验 + 定制Panel 靶向扩增 ctDNA检测:
► 组织WES先验 + 定制Panel 靶向捕获 ctDNA检测:
无组织先验和组织Panel先验,由于存在不同程度的位点覆盖不足的问题,不是MRD检测的最优解。而基于组织WES先验 + 定制Panel ctDNA检测的两种方案,性能上也存在差异。基于靶向扩增的N司方案LoD显著要差于基于靶向捕获的B司方案,其根本原因是基于靶向扩增的仅能使用UMI纠错,但基于靶向捕获的可使用双链纠错,后者准确性更高,从而可以实现更低的检测下限。
技术路线 | 代表公司 | 组织检测 | 组织检测方案 | 个性化位点数目 | MRD检测方案 | LoD | 纠错方式 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
组织WES先验 + 靶向扩增MRD |
N*** | √ | WES | 16 | 靶向扩增 | 0.02% | UMI纠错 |
组织WES先验 + 靶向捕获MRD |
B*** | √ | WES | 50 | 靶向捕获 | 0.004% | 双链纠错 |
由于靶向扩增的检测方案,具有灵活性高、速度快、成本低等一系列临床应用的优势,我公司开发了SMP检测技术,赋予了靶向扩增方案双链纠错的能力,大大提高了其灵敏度,将靶向扩增方案的LoD降低到了0.005%的水平,详情点击这里
产品优势
康测MRD检测采取了组织WES先验 + 个性化Panel 靶向扩增 + 双链纠错的技术流程,如下图所示。该方案在临床应用和性能上都具有巨大的优势:
► 组织WES先验,不错过任何有价值位点;
► 个性化Panel中包含靶向用药的相关位点和化疗用药的相关位点,在患者病理条件发生变化时,可以提供更多的治疗方案建议;
► 可以稳定检出含量 ≥ 0.005%的ctDNA,且灵敏度、特异性均达到100%;
康测MRD建库试剂盒,使用三个商业化标准品(菁良GW-OCTM800、LDT Bioscience LDT-999和科佰生物CBP940)进行了300次性能验证,在使用SNV Cutoff > 1的条件下,实现了100%的特异性。从下图可见,对十万分之五含量的ctDNA检测结果,每个样本平均检出7.1个变异(最少4个),远高于1。在对十万分之三含量的ctDNA检测中,20个阳性样本中有15个检测到≥2个变异,为MRD阳性。
综合所有测试结果,我们发现使用cutoff > 1的阈值,所有检测的Specificity均可达到100%。在十万分之五的ctDNA含量下,Sensitivity也稳定在100%,十万分之三含量Sensitivity为75%,因此我们将该试剂盒的报告阈值定义为SNV > 1, LoD计算为十万分之五。
检测方案
1、术前采血 + 术后肿瘤组织,对组织和白细胞DNA进行WES测序,筛选位点定制Panel,并对血液ctDNA进行MRD检测,确定MRD基线;
2、术后一周内,采血进行ctDNA MRD检测,评估治疗效果;
3、术后定期(每三个月)采血,进行ctDNA MRD检测,评估复发风险;
检测方案
第一次采样要求见下图所示;后续MRD监测采样要求:全血 20 mL。
检测流程
>>检测周期
- 首次检测:组织WES报告 + 定制化成功通知 15个自然日
- 持续监测:ctDNA检测 10个自然日
泛实体瘤ctDNA-MRD检测
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