康测科技三代产品上线,打通测序服务全领域

近期,康测科技三代测序平台上线,该平台由英国Oxford Nanopore TechnologiesONT)开发,而康测科技最新推出的Nanopore Direct RNA & cDNA全长转录组测序,昭示着康测科技从此打通二、三代测序服务全领域。

Nanopore cDNA全长转录组测序

技术简介

全长转录组测序(full-Length transcripts sequencing)是基于牛津纳米孔公司(Oxford Nanopore TechnologiesONT)三代测序平台的技术,允许直接读取从5'端到3'polyA尾的高质量单个RNA分子全长序列,能够准确辨别二代测序无法准确识别的可变剪接、可选择性多聚腺苷酸化、融合基因等结构信息,从而克服了二代测序技术在转录本拼接短、信息不完整方面的难点。

技术优势

基于ONT的转录组测序,准确分析可变剪接、融合基因和鉴定新异构体,实现转录本的表达水平准确定量。

实测结果展示

长读长是三代测序的一个显著特点,读长分布符合预期。

与二代测序类似,碱基质量是评估每个测序碱基准确性的指标,较高的碱基质量分数表明测序错误率较低。

全长序列能够更准确的反映转录本的真实序列。

 

 

Direct RNA-seq

技术简介

真核生物RNA上已知存在170多种修饰,虽然开发出很多基于二代测序平台的组学鉴定技术例如meRIP-seq,但依然无法同时对RNA上所有修饰进行鉴定。2019年基于Oxford Nanopore三代测序平台开发的DRS(Direct RNA-seq)横空出世,让同时检测RNA上所有修饰有了可能。

DRS 鉴定 RNA 修饰的基本原理是通过同时对无修饰的对照 RNA 和样本 RNA 不进行逆转录形成 cDNA,而对其进行 Direct 测序,在 Base calling 和比对后,可视化离子电流信号(Ionic current signal),如下图一中间,随后可以根据不同软件的算法鉴定各 RNA 修饰种类。 DRS除了可以鉴定各RNA修饰种类以外,还可以直接鉴定APA位点和PolyA尾的长度,如下图二。

图一

图二

 

 

 

 

技术优势

·不经反转、无需扩增,无测序偏好性

·检测 RNA 上的甲基化修饰位点信息,准确分析可变剪接、融合基因和鉴定新异构体;

·可对 polyA 尾长进行相对准确的估算,还原真实 RNA 特征,并且实现转录本的表达水平准确定量。

 

实测结果展示

读长分布符合预期。

碱基质量分数较高,测序错误率较低。

 

使用 NanoPolish(版本:0.13.2;参数:polyA)(De Coster et al., 2018) 对原始数据的 polyA 进行计算,样品中 polyA 长度统计

不同样本的 polyA 尾长度分布小提琴图

 

m6A的位点鉴定是基于 TomboStoiber et al., 2016) 的denovo模式,下游增加 MINES 流程进行计算。MINESLorenz et al., 2020)可以综合自身构建的m6A模型进行进一步计算。

m6A 位点在序列不同区域的分布柱状图

康测科技三代测序业务现已开全面上线,如果您想试试Nanopore Direct RNA&cDNA全长转录组测序,可私信小编或联系您的客户经理,有任何疑问欢迎致电027-65527552~

 

关于康测

康测致力于先进组学技术的开发和在生物医学研究领域的应用,建立了涵盖基因组学、表观基因组学、转录组学、表观转录组学、免疫组学和互作组学的全面组学服务体系。而在医学检测方面,康测基于自主研发的SMP(Stranded Multiplex PCR)靶向测序技术,可提供检测灵敏度和特异性均为100%MRD一站式自动化解决方案。

康测提供全面的基因表达调控研究工具

康测提供高度自动化MRD一站式解决方案

 

创建时间:2024-07-09