康测科技三代产品上线，打通测序服务全领域

近期，康测科技三代测序平台上线，该平台由英国Oxford Nanopore Technologies（ONT）开发，而康测科技最新推出的Nanopore Direct RNA & cDNA全长转录组测序，昭示着康测科技从此打通二、三代测序服务全领域。

Nanopore cDNA全长转录组测序

技术简介

全长转录组测序（full-Length transcripts sequencing）是基于牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代测序平台的技术，允许直接读取从5'端到3'端polyA尾的高质量单个RNA分子全长序列，能够准确辨别二代测序无法准确识别的可变剪接、可选择性多聚腺苷酸化、融合基因等结构信息，从而克服了二代测序技术在转录本拼接短、信息不完整方面的难点。

技术优势

基于ONT的转录组测序，准确分析可变剪接、融合基因和鉴定新异构体，实现转录本的表达水平准确定量。

实测结果展示

长读长是三代测序的一个显著特点，读长分布符合预期。

与二代测序类似，碱基质量是评估每个测序碱基准确性的指标，较高的碱基质量分数表明测序错误率较低。

全长序列能够更准确的反映转录本的真实序列。

Direct RNA-seq

技术简介

真核生物RNA上已知存在170多种修饰，虽然开发出很多基于二代测序平台的组学鉴定技术例如meRIP-seq，但依然无法同时对RNA上所有修饰进行鉴定。2019年基于Oxford Nanopore三代测序平台开发的DRS（Direct RNA-seq）横空出世，让同时检测RNA上所有修饰有了可能。

DRS 鉴定 RNA 修饰的基本原理是通过同时对无修饰的对照 RNA 和样本 RNA 不进行逆转录形成 cDNA，而对其进行 Direct 测序，在 Base calling 和比对后，可视化离子电流信号（Ionic current signal），如下图一中间，随后可以根据不同软件的算法鉴定各 RNA 修饰种类。 DRS除了可以鉴定各RNA修饰种类以外，还可以直接鉴定APA位点和PolyA尾的长度，如下图二。

图一

图二

技术优势

·不经反转、无需扩增，无测序偏好性

·检测 RNA 上的甲基化修饰位点信息，准确分析可变剪接、融合基因和鉴定新异构体；

·可对 polyA 尾长进行相对准确的估算，还原真实 RNA 特征，并且实现转录本的表达水平准确定量。

实测结果展示

读长分布符合预期。

碱基质量分数较高,测序错误率较低。

使用 NanoPolish（版本：0.13.2；参数：polyA）（De Coster et al., 2018） 对原始数据的 polyA 进行计算，样品中 polyA 长度统计

不同样本的 polyA 尾长度分布小提琴图

m6A的位点鉴定是基于 Tombo（Stoiber et al., 2016） 的denovo模式，下游增加 MINES 流程进行计算。MINES（Lorenz et al., 2020）可以综合自身构建的m6A模型进行进一步计算。

m6A 位点在序列不同区域的分布柱状图

康测科技三代测序业务现已开全面上线，如果您想试试Nanopore Direct RNA&cDNA全长转录组测序，可私信小编或联系您的客户经理，有任何疑问欢迎致电027-65527552~

关于康测

康测致力于先进组学技术的开发和在生物医学研究领域的应用，建立了涵盖基因组学、表观基因组学、转录组学、表观转录组学、免疫组学和互作组学的全面组学服务体系。而在医学检测方面，康测基于自主研发的SMP（Stranded Multiplex PCR）靶向测序技术，可提供检测灵敏度和特异性均为100%的MRD一站式自动化解决方案。

康测提供全面的基因表达调控研究工具

康测提供高度自动化MRD一站式解决方案