康测科技Ribo-seq技术优化,突破物种限制!

Ribo-seq简介

引言

Ribo-seqRibosome profiling sequencing,核糖体印记测序)是翻译组学常用研究技术,通过对与核糖体结合正在翻译RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNAcircRNA等)的信息精确定量,是连接转录组与蛋白质组的桥梁。

 

Ribo-seq原理

由于核糖体对与之结合的~30nt RNA片段具有保护作用,当利用RNA酶消化细胞中的RNA后,这些被核糖体保护、正在翻译RNA片段可以被富集,再经过一系列提取、分离、纯化、建库、深度测序和分析,就能获得全面的、高质量的蛋白质翻译效率信息。此外,结合转录组、小RNA测序、蛋白组等进行关联分析,可以更全面、精确地研究转录后调控 、翻译调控机制。

康测科技Ribo-seq技术优化

康测科技Ribo-seq技术优化后,拓宽了物种适应性:人、小鼠、斑马鱼、玉米、拟南芥等研究对象均可适用。同时可选择采用UMI数字标签,去重纠错,定量更准。

送样要求

物种:人、小鼠、斑马鱼、玉米、拟南芥,其余物种请咨询对应地区销售经理送样量:1、细胞≥1×10^72、动物组织≥300 mg3、植物组织≥1 g

Ribo-seq项目流程

 

应用场景

一、翻译机制的探索

1. 关注正在翻译的基因中,哪些处于高效翻译,调控参与翻译效率的元件有哪些;

2. 解释双解码的发生机制,哪些基因可以发生双解码,具有哪些结构特征。

二、深化转录组分析

1. 关注差异表达的基因中,究竟有哪些正在翻译,且翻译效率如何;

2. 缩小差异基因的范围,只关注正在翻译的基因。

、可用于解释转录组和蛋白组结果不一致

1. 当基因转录不翻译,或者翻译效率低时,可能会出现转录组显示有差异或者差异显著,而蛋白组无差异或差异不显著

2. 若只检测了蛋白组,仅能粗略定位到基因区域,但无法明确转录本,更无法明确转录本中的编码ORF。

、深化非编码RNA的测序分析

1. 当用于探究lncRNA和未知编码潜能的转录本是否具有编码功能;

2. 研究circRNA对应的线性RNA是否具有翻译功能,开环后是否在进行翻译。

 

 

创建时间:2024-07-15